いつも勉強させていただいています。
発現変動遺伝子を同定するDESeq2ですが、リードカウントのデータを読み込ませることになっています。
しかし、リードカウントはRNA-seqで得られた総リード数によっても変わってくると思いますが、DESeq2はそういった補正は行なっているのでしょうか。(DESeq2での解析の際、総リード数を与える機会がありませんでしたので、補正が行われているのかが気になりました)
また、総リード数や遺伝子長で補正を行ったrpkmの数値をもとにDESeq2を行うのはまずいでしょうか。
解析にお詳しい方がいらっしゃいましたら、お教えいただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。 |
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