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糸球体のmRNA抽出 トピック削除
No.11721-TOPIC - 2023/08/18 (金) 16:36:04 - ship
 腎臓を濾して糸球体を取り出し、mRNAを抽出したいのですが、うまく抽出ができていません。糸球体を取り出すのについては、顕微鏡を見る限りできているようなのですが・・・。糸球体をローターステーター式のホモジナイザーでホモジナイズした後はQIAGENのRNA抽出キットで行っているのですが、mRNAがナノドロップで確認できないそうです。
今は糸球体をPBSで洗っているのをDEPC水とかに変えてやればいいのでしょうか?QIAZOLとかで溶かしたりした方がいいとかありますか?すみませんがご教授の程宜しくお願いいたします。
 
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No.11721-5 - 2023/08/19 (土) 17:53:10 - おお
確認ですが、total RNA ですかmRNA どちらでしょう。

先に示した収量からQIAGENのRNA抽出キットとかだとminiではちょっとスケールが大きぎるかもしれない。

DEPC水ってそれで作ったPBSではなく、塩もはいってない要するに水ですか?低張で細胞が膨れ上がって破裂しますよ。組織をあらうのはPBSでじゅうぶんです。

(無題) 削除/引用
No.11721-4 - 2023/08/19 (土) 05:37:45 - おお
∼8,500 glomeruli (8,357 ± 575, n = 41) collected from two kidneys of one adult C57BL/6 mouse.....
....On average, 1.64 ± 0.177 μg (n = 11) of total RNA and 62.44 ± 6.01 μg (n = 12) of protein could be extracted from the purified glomeruli of one adult mouse,

https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/ajprenal.00293.2019?rfr_dat=cr_pub++0pubmed&url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori%3Arid%3Acrossref.org

上記と比べて、収量はどんな感じですか?

(無題) 削除/引用
No.11721-3 - 2023/08/18 (金) 22:53:40 - あの
実際の経験は無くて、単なるアイデアですが、RNAlater (自作できる)につけて処理してから、
採取するのはダメですか?

(無題) 削除/引用
No.11721-2 - 2023/08/18 (金) 18:59:30 - ema
どのくらいの数を取り出していますでしょうか。
LMDで切り出しの時には数枚だとpicoもしくはfemto単位しか取れず、スライドにして数百枚切り続け、量を取ることになりました。
電気泳動;通常のアガロースでは薄くて見えない場合はバイオアナライザーpicoキットでぎりぎりrRNAのピークが見えたから取れているとし、
picoでもわかりにくい時は元々増やす気だったのでmRNA増幅キットをあると信じてかけてその後の泳動で確認したこともありました。
ナノドロップでは15ngより少ないと偽の値がでます。

確実に核酸抽出ならキットでシリカのシステムはwash時にロスをするため、より少なくなる、RLTなどの溶解液よりフェノール系(Trizolなどでエタ沈メイト共沈、QIAZOLもそうか)の方が無くなる、って事はないかと思います。

糸球体のmRNA抽出 削除/引用
No.11721-1 - 2023/08/18 (金) 16:36:04 - ship
 腎臓を濾して糸球体を取り出し、mRNAを抽出したいのですが、うまく抽出ができていません。糸球体を取り出すのについては、顕微鏡を見る限りできているようなのですが・・・。糸球体をローターステーター式のホモジナイザーでホモジナイズした後はQIAGENのRNA抽出キットで行っているのですが、mRNAがナノドロップで確認できないそうです。
今は糸球体をPBSで洗っているのをDEPC水とかに変えてやればいいのでしょうか?QIAZOLとかで溶かしたりした方がいいとかありますか?すみませんがご教授の程宜しくお願いいたします。

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