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(無題) 削除/引用 No.11725-3 - 2023/08/22 (火) 02:02:33 - おお >HK遺伝子のほうがCT値が小さいためΔCT値は正となるという認識なのですが 確かにハウスキーピング遺伝子は発現量が多くてほかの遺伝子より多く発現していることがたいていですが、どんな場合もそうでしょうか？ たとえばGAPDH（Internal controlとしてよく使われる）の腎臓での発現量は以下の情報によると、４８２RPKM。またGPX3の腎臓での発現量は４３９５RPKM。 これが同じような効率でRT-ｑPCRがかかるとしたらGPX3の立ち上がりのが早くCt値はGAPDHより低くなります。したがってｄCTが負になります。 加えて、RT-ｑPCRは相対的な発現量を示していますので違う遺伝子で同じCt値であっても発現量が一緒とは限りません。 また（今は使われるかわかりませんが）、RibosomalRNAをInternal controlに置くことがあって、この場合発現量が多すぎることから、プライマーなどに細工してより高いCt値が出るようにしたものもあったと思います。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2878 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2597

(無題) 削除/引用 No.11725-2 - 2023/08/21 (月) 15:01:10 - 774 HK遺伝子より発現量が多い場合は負の値になるのでは？

ΔCT値について 削除/引用 No.11725-1 - 2023/08/21 (月) 14:37:02 - のびお qPCR後、CT値からΔCT値を出す場合、 ΔCT＝標的遺伝子のCT値ーハウスキーピング遺伝子のCT値 となり、HK遺伝子のほうがCT値が小さいためΔCT値は正となるという認識なのですが、 文献によりΔCTの値が負のものがみられます ΔCT値の計算方法の違いによるものなのか、もしくはHK遺伝子のほうがCT値が小さいという認識が誤っているのが、ご教授いただけますでしょうか。

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