RNAseq以外ならplasmid seqも含めてナノポア使ってますが、精度は5年前とは比較になりません。version upは頻繁で、最新version10.4.1を使ってえられたリードの精度はイルミナ並みにみえます。長いですが。DNAではtransposaseを使ったrapid sequencing を使えば、libraryの調製は全部で30分くらいで完了します。RNAseqだと古典的なligationでやるので、確か3時間くらいかかりますが。
Flogleという一番安いセルを使えば、1つあたり1万円ちょいくらい（12個単位で購入）で、totalで200Mbqくらいは楽に読めて、ナノポアでは数キロ〜数十キロbpが一つのリードで普通に読めるので、plasmidを読むにはこれで楽勝です。
ただ、コストの比較は困難です。RNAseqの外注でイルミナなどでは4000万リード保証というのをみますが、おそらくそれに相当する塩基数を読むには、Minonという15万くらいするフローセルを使う必要があるでしょう。RNAseqをナノポアでやったことはあんまりないのですが、実際の感覚では、RNAを直読みでもcDNAにして読むのでも、ひとつのMinionで２回、がんばって3回くらいに留めておいた方が良さそうな気はします。どなたか、RNAseqをナノポアで実際に多くされてる方のフォローが欲しいところです。
なお最新のver10.4.1について私は好感触ですが、CommunityというONT社の意見交換の場で、libraryキットについて散々な評判もでています。これらに対してONT社はほぼ説明もしないので、印象がかなり落ちてきてる感じはします。特に、ナノポアは日本では高く、日本の営業の人は実際に使ってた訳でもない人が多いので情報はあてにならず、そもそも何を買えばいいのかわからずで最初は苦労しました。共に開拓したいという人向けかなと言う気がしないでもありません。個人的には結構好きですが。 |
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