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TNFRSFの下流で転写活性化する遺伝子群 トピック削除
No.11736-TOPIC - 2023/08/24 (木) 11:40:01 - kokoro
TNFRSFファミリーのシグナル伝達経路はよく研究されていて、下流には、NFkbがあり、転写活性化が起こるのはまず間違いな医と考えています。

しかし、ほとんどの論文は、リガンドで刺激して、NFkb等のリン酸化を見ているのみで、転写が活性化する遺伝子群をRNA-seqで同定した論文はほとんどありません。

おそらく、リガンド刺激はすぐに馴化してしまい、RNAに反映されないと考えているのですが、正しいのでしょうか。


リガンドありとなしで転写産物の差がRNA-seqではっきりわかるような実験系を組むことは可能でしょうか。
　
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(無題) 削除/引用
No.11736-4 - 2023/08/25 (金) 02:39:41 - おお
NFkBのターゲットを見つけるというのはRNAseqよりむしろChip-seqなのではないでしょうか、例えば

doi.org/10.1016/j.celrep.2020.01.108

こちらでは図に104 NF-kB target genesが示されていて、Chip-seqとあわせてRNA-seqもやってますから実際にＴＮＦで発現があがった根拠のある遺伝子が抽出できていると思います。

(無題) 削除/引用
No.11736-3 - 2023/08/24 (木) 22:20:12 - おお
RNAseqが開発されるより随分前から研究があるから、結構ターゲットの遺伝子は既に見つかっているのだと思われますが。

(無題) 削除/引用
No.11736-2 - 2023/08/24 (木) 14:24:41 - か
TNFリガンド/NFkB依存に誘導される遺伝子のRT-PCR解析はたくさん論文はあるのでRNAseqでもわかると思いますが、遺伝子ごとに誘導とシャットダウンのタイミングが違って大変な気がします。

TNFRSFの下流で転写活性化する遺伝子群 削除/引用
No.11736-1 - 2023/08/24 (木) 11:40:01 - kokoro
TNFRSFファミリーのシグナル伝達経路はよく研究されていて、下流には、NFkbがあり、転写活性化が起こるのはまず間違いな医と考えています。

しかし、ほとんどの論文は、リガンドで刺激して、NFkb等のリン酸化を見ているのみで、転写が活性化する遺伝子群をRNA-seqで同定した論文はほとんどありません。

おそらく、リガンド刺激はすぐに馴化してしまい、RNAに反映されないと考えているのですが、正しいのでしょうか。


リガンドありとなしで転写産物の差がRNA-seqではっきりわかるような実験系を組むことは可能でしょうか。
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