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(無題) 削除/引用 No.11744-4 - 2023/08/29 (火) 01:02:30 - おお doi.org/10.1038/s41467-019-10912-8 ちょっと思いついたことがあったんだけど似たようなことが既にやられていました。 ライブラリーからがんで低発現しているものか、前がん状態で高発現しているののを濃縮してた2次ライブラリーを作り、さらに違う状態でスクリーニングするという手が取れなくはない。 この論文のライブラリーは既知のＤＮＡ結合タンパクのモチーフを集めたものだけど、数十ベースのランダムな配列でも可能かもしれない。

(無題) 削除/引用 No.11744-3 - 2023/08/28 (月) 09:34:10 - ああ 最後まで実行可能かわかりませんが、パッと思いついたのは、対象組織のがん細胞の前癌病変で高発現する遺伝子を探索し、その遺伝子DNAを用いて細胞内からDNA binding assay (Promoter Pull-Down Assay？)を用いて候補転写因子を釣り上げる、という方法ですかね… 釣り上げて回収できれば、プロテインシーケンサー法やペプチドマスフィンガープリンティング法などアミノ酸配列の同定や解析をする手法はあるので候補をKOしたりして検証していけば結果が得られるかなと思います。

(無題) 削除/引用 No.11744-2 - 2023/08/27 (日) 15:30:12 - おお まず、実験に使えるモデル(実験モデル)が必要かもしれません。色々考えられるかもしれませんが、一つは、不死化細胞を癌化させて比較する。癌化細胞で発現が低下していれば、キャンディデートとなり、正常細胞、組織などで発現を確認する。 また、肝炎、肝硬変で上がる遺伝子を調べるのも手かもしれません。その他良性腫瘍組織が臨床、あるいは動物モデルなどで得る事ができるなら解析が可能かと思われます。ポリープもそうですよね。胃潰瘍でもモデルになるかな。 あと、このようなモデルや資料が手に入らなくても、RNAs eq、マイクロアレーのデーターは結構あるはずです。それらをもとに可能性ある遺伝子を探るといいかと思います。 考えられる遺伝子候補としては、癌抑制遺伝子がありそうですが、そう言う遺伝子候補群を絞り込んで解析するのもありかもしれません。

遺伝子発現を制御する因子の探索方法 削除/引用 No.11744-1 - 2023/08/27 (日) 14:36:54 - ひとみ 　ある臓器の正常細胞では発現が低く、初期の前癌病変で高発現し、腫瘍の進行に伴い（癌に近づくにつれて）発現が低下するという分子に興味を持っています。この分子の発現を誘導する転写因子を見つけたいと考えているのですが、どのようなアプローチが考えられるでしょうか？何かアイディアがあれば教えてもらえると嬉しいです。

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