Bio Technical フォーラム

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Chipシークエンスのコントロール トピック削除
No.11769-TOPIC - 2023/09/09 (土) 05:37:43 - 基礎研究初心者
 HAタグを付加したタンパクを発現するベクターを細胞に導入してChipシークエンスを行いたいと思っています。
 この場合、ネガティブコントロールのベクターとしてどのようなベクターを用いるのがよいでしょうか?何も発現しない空ベクターか、HAだけを発現するベクターか、HAタグを付加した何らかのタンパク(DNAに結合しないもの)を発現するベクターか、どれが良いのか悩んでいるので教えて頂けると嬉しいです。
 
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(無題) 削除/引用
No.11769-2 - 2023/09/09 (土) 08:36:48 - おお
あまり絶対的な方法論というのはなくて、HAをつけるためのからベクターとか使っても実験系としては成り立つと思う。

一方DNA結合部位をデリートとしたものをネガコンに使われた論文もある。この場合DNA結合ドメインが明確であることは必須であるけど、そのほかのドメインがDNAにコンタクトしていることを完全に否定できることが望ましい。まあGFPでもできなくはないとおもう。

もう一つのコントロールの取り方は、HAや細胞内のものを認識しない抗体を使うこと。それならLysatesが共通しているので細胞導入で起こる変化やDish間のブレを無視できる。

Chipシークエンスのコントロール 削除/引用
No.11769-1 - 2023/09/09 (土) 05:37:43 - 基礎研究初心者
 HAタグを付加したタンパクを発現するベクターを細胞に導入してChipシークエンスを行いたいと思っています。
 この場合、ネガティブコントロールのベクターとしてどのようなベクターを用いるのがよいでしょうか?何も発現しない空ベクターか、HAだけを発現するベクターか、HAタグを付加した何らかのタンパク(DNAに結合しないもの)を発現するベクターか、どれが良いのか悩んでいるので教えて頂けると嬉しいです。

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