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(無題) 削除/引用 No.11798-8 - 2023/09/23 (土) 19:12:06 - G25 ヒト細胞に関してはrDNAをターゲットにする意味はないのでは？ rDNAは数百の多コピーですからややこしくない？ ユニーク配列をターゲットにすればいいじゃない。 あらかじめ細胞数とrDNA定量値で検量線を作ってから始めるつもりだろうから、いいちゃいえばいいのだけど。 細菌の場合は、汎細菌のターゲットとして16S rDNAは選択肢だろうけど。

(無題) 削除/引用 No.11798-7 - 2023/09/23 (土) 15:03:16 - 774R ヒト細胞数当たりの菌体数を求めたいのですか？ ヒト組織質量当たりとか体積当たりではない理由はあるのでしょうか？ 組織だと場所によって細胞の密度が変わるはずなので、DNAの量が変わってきますが、それで標準化する理由ではあるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.11798-6 - 2023/09/23 (土) 14:40:54 - おお おそらく細胞何個当たりバクテリア何個という話ではない様な気がするのですが気のせいですか？まあ少なくとも大体の感じとして数がほしいかもしれませんけど。 ｑＰＣＲはたぶんやられていると思いますけどね。あるいはＴｉｓｓｕｅ１ｇに何コピーあったとかいうのも見たような気がする。 病原菌など組織に感染したのを確認するため、組織染色とか、確か対象の菌特異的な酵素の活性とか、そんな方法でも感染具合（多い少ない）はわかりますけどね。 で、実際のところはどうなんでしょう。

(無題) 削除/引用 No.11798-5 - 2023/09/23 (土) 14:38:05 - Xdt なるほど。倍数体のようなものは想像しませんでした。 しかし、完璧な実験は求めていません。完璧さを求めたら、おそらく現代のmeta barcodingは全て否定されてできなくなってしまいますので（例えば、腸内細菌を割合を調べたりしますよね）。 rDNAの比率を今は考えていますが、否定されてしまうものですかね。

(無題) 削除/引用 No.11798-4 - 2023/09/23 (土) 14:12:34 - おお >[Re:2] てってってーさんは書きました : > ヒトは2倍体ですし大腸菌なら1倍体なわけなんで、それって≒細胞数なわけで細胞数えればわかるのでわざわざ測定してまで比較するまでもないんじゃなかろうかと思うのですが However, during recent years it has become clear that many bacterial species are oligoploid (up to 10 genome copies), polyploid (up to 100 genome copies), or even hyperpolyploid. Oligo-/polyploid species have been identified in various phylogenetic groups, e.g., in proteobacteria (Pecoraro et al., 2011), cyanobacteria (Griese et al., 2011), gram-positive bacteria (Böttinger et al., 2018), methanogenic archaea (Hildenbrand et al., 2011), and halophilic archaea (Breuert et al., 2006). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8365228/

(無題) 削除/引用 No.11798-3 - 2023/09/23 (土) 13:04:52 - てってってー 送信ボタンを押した直後に「組織中の」を見落としてたことに気がついたので先のやつは忘れてください

(無題) 削除/引用 No.11798-2 - 2023/09/23 (土) 13:02:30 - てってってー どういう目的でDNAの何の比率を比較したいのかはわかりませんが、一部の株化細胞のようにグチャグチャな倍数体でなければgDNAのどの領域であってもヒトは2倍体ですし大腸菌なら1倍体なわけなんで、それって≒細胞数なわけで細胞数えればわかるのでわざわざ測定してまで比較するまでもないんじゃなかろうかと思うのですが

DNAベースで、人細胞と細菌の比率を推定する方法 削除/引用 No.11798-1 - 2023/09/23 (土) 02:56:51 - Xdt DNAベースで、組織中の人細胞と細菌の比率を推定したいと考えています。 コントロールをしっかりと置いた上で、ヒトと細菌のrDNAをqPCRで調べるくらいしか思い浮かばないのですが、経験のあるかたいらっしゃいますでしょうか。 調べてもはっきりと分からないです。

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