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siRNA発現用のプロモーターについて トピック削除
No.11804-TOPIC - 2023/09/26 (火) 15:34:58 - プロモーター
通常の遺伝子過剰発現用のプロモーターにはCMVだとかCAGだとかを使うのが有名ですが、siRNAになるとU6とかH1プロモーターを使うのをよく目にします。CRISPRのガイドRNAにもU6を使ったりしますが、なぜプロモーターを変える必要があるんですが? 発現量の問題ですか?それとも転写後のsiRNAのとる立体構造の関係の話ですか?
 
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(無題) 削除/引用
No.11804-2 - 2023/09/27 (水) 01:36:51 - おお
Why RNA Polymerase III Promoters?
In most siRNA expression vectors described to date, one of three different RNA polymerase III (pol III) promoters is used to drive the expression of a small hairpin siRNA (1-5). These promoters include the well-characterized human and mouse U6 promoters and the human H1 promoter. RNA pol III was chosen to drive siRNA expression because it expresses relatively large amounts of small RNAs in mammalian cells and it terminates transcription upon incorporating a string of 3 to 6 uridines.

https://www.thermofisher.com/us/en/home/references/ambion-tech-support/rnai-sirna/tech-notes/sirna-expression-vectors--with-selectable-markers.html

ま、強いというのはあると思います。CMVとかが全くダメかというとそうでもないです。低分子RNAを安定して発現するプロモーターであることから、使われるようになったのだと思います。PubMedなどで文献漁れば比較などの実験結果など出てくると思いますが(あるいは上記URLのリファレンスとかかな)、そこまで必要でしょうか?

siRNA発現用のプロモーターについて 削除/引用
No.11804-1 - 2023/09/26 (火) 15:34:58 - プロモーター
通常の遺伝子過剰発現用のプロモーターにはCMVだとかCAGだとかを使うのが有名ですが、siRNAになるとU6とかH1プロモーターを使うのをよく目にします。CRISPRのガイドRNAにもU6を使ったりしますが、なぜプロモーターを変える必要があるんですが? 発現量の問題ですか?それとも転写後のsiRNAのとる立体構造の関係の話ですか?

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