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初代細胞でのノックダウン効果を長期持続するには トピック削除
No.11837-TOPIC - 2023/10/10 (火) 11:17:36 - IK
いつも勉強させていただいております。
このたび初代細胞へのノックダウン効果を長期持続する方法につきご助言いただけないかと存じます。

現在、増殖、組織修復に関連する遺伝子について研究しております。
その遺伝子をノックダウンしたときに組織発生や修復にどのような挙動変化がおきるのかを調べたく、in vitroで3D培養(オルガノイド等)とノックダウンを組み合わせられないか、と考えています。
しかしながら不死化したcell lineではうまく3D培養できず、初代細胞を使用しての実験になりそうです。初代細胞ではshRNAをいれてもselectionが難しい(増殖が弱いため)、siRNAだとノックダウンの効果が一時的、など問題がありどのようにすれば適切な実験系が組めるのかと上司とも相談しております。

3D培養等比較的長期の観察をする場合に、初代細胞とノックダウンをどのように組み合わせるか、どなたかご助言いただけますでしょうか?

お忙しいところ申し訳ありませんが、よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.11837-6 - 2023/10/17 (火) 12:58:58 - AAV
KDならAAVでいっちゃいますね・・

(無題) 削除/引用
No.11837-5 - 2023/10/14 (土) 01:09:17 - おお
レンチでうまくいけばほぼ100%導入されますので、薬剤でセレクションせずに行ける可能性がありますし、セレクションしてもほとんど細胞が死なない場合もあります。

もう一つ選択肢があるとすればASO
ですかね。分解を抑制するために化学修飾されているのでsiRNAよりその点だけで考えると安定です。まあどちらにしろ分裂などによる細胞あたりの量の減少はあるでしょうし、組織構築の上で分裂をあまりしない細胞ではKD効率が良かったり、その逆だったりするところは気をつける点なのかもしれません。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.11837-4 - 2023/10/13 (金) 19:05:39 - IK
ご教授いただきありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.11837-3 - 2023/10/11 (水) 14:43:57 - Karas
siRNA導入によるKDですが、一番良い条件で実施して初代細胞において低発現を2週間近く維持出来たことがあります。

もちろん細胞や標的遺伝子によると思いますが、3D培養の期間によっては、選択肢に残しておいても良いかもしれません。因みにThermoのSilencer selectです。

(無題) 削除/引用
No.11837-2 - 2023/10/10 (火) 11:58:45 - asan

蛍光タンパク質を発現させたshをレンチウイルス等で処理して蛍光が発現した細胞の様子を観察するかソートして利用するのが一般的じゃないですかね。

最近なら、CRISPRをステーブルにしてもいいかもしれません。

初代細胞でのノックダウン効果を長期持続するには 削除/引用
No.11837-1 - 2023/10/10 (火) 11:17:36 - IK
いつも勉強させていただいております。
このたび初代細胞へのノックダウン効果を長期持続する方法につきご助言いただけないかと存じます。

現在、増殖、組織修復に関連する遺伝子について研究しております。
その遺伝子をノックダウンしたときに組織発生や修復にどのような挙動変化がおきるのかを調べたく、in vitroで3D培養(オルガノイド等)とノックダウンを組み合わせられないか、と考えています。
しかしながら不死化したcell lineではうまく3D培養できず、初代細胞を使用しての実験になりそうです。初代細胞ではshRNAをいれてもselectionが難しい(増殖が弱いため)、siRNAだとノックダウンの効果が一時的、など問題がありどのようにすれば適切な実験系が組めるのかと上司とも相談しております。

3D培養等比較的長期の観察をする場合に、初代細胞とノックダウンをどのように組み合わせるか、どなたかご助言いただけますでしょうか?

お忙しいところ申し訳ありませんが、よろしくお願いいたします。

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