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(無題) 削除/引用 No.11858-3 - 2023/10/18 (水) 07:13:29 - G25 レファレンスシークエンスが両者で違っているとか？ つまりgenome cordinate ベースか個々の遺伝子ベースかとか。 個々の遺伝子(あるいはcDNA)の配列は遺伝子の向きに従ってセンス鎖で表記しますが、 genome cordinateだと染色体全体を一定方向で表記するので逆向きの遺伝子はアンチセンス鎖になります。

(無題) 削除/引用 No.11858-2 - 2023/10/18 (水) 02:22:46 - おお 詳細は見てみないとわからないけど、ゲノムを読んだ時の＋鎖を基準にするか、そこにある遺伝子が転写される方向を基準にするかで変わってきそうだが、

SNPの表記について 削除/引用 No.11858-1 - 2023/10/17 (火) 20:44:33 - TT 日頃大変お世話になっています。皆様方のトピックで大変勉強させていただいています。 現在、私のワークでヒトのSNPを分析しており、わからないことがあり質問したく思っています。 解析方法はtaqman probe法でthermo scientificからgenotyping assay mixを購入し、解析しており、分析そのものは増幅曲線も問題なく描かれております。 さて、わからないことというのは、いくつかの論文を参考に上記thermo社の特定rs番号のassay mixを購入していることに起因します。 論文でのallele表記はA/Gとなっており、私の理解では塩基配列の変異箇所を表しているものだと思っております。 ただ、上記thermo社のHPで塩基配列を確認するとT/Cの表記です。 この場合alleleを記載するときにはTT/TC/CCとなり、多くの論文に載せられているGG/GA/AAと言ったalleleにならないのではないでしょうか？ 他の遺伝子のSNPではそういったことも起きていないですし、アミノ酸で表記する方式でも現在使用しているassay mixではA/Gのalleleにはなりません。 コーディング部分などによって表記の仕方の別があるのかなど、お知恵を賜われればと思います。 よろしくお願いします。

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