>[Re:6] AAAさんは書きました :
>
> 1. Introduction
> "once a short unmodified peptide is synthesized in isolation, much of its ability to bind specific biomolecules is weakened, as it tends to adopt random-coil conformations rather than the structured and biologically relevant conformation."
>
> といった文献もあり、ペプチドにαヘリックスなどの安定的な構造を取らせた方が、標的とするタンパク質への結合の特異性が高まるというのは一般的なことなのだろうか？
例えば、構造的ドメインの間のループ部分があるタンパクに結合するとして、その部分を切り出したペプチドは末端などかなり自由度があり、ポケットに収まらない構造になる場合もあるだろうけど、タンパクの中でのそういうループの部分は末端が固定されていたり、周りの何らかの構造に裏打ちされていたりして構造上制約があるのでより結合に適した構造をとりえるということもある。示したイントロはへリックスと書かれているわけでもなく、もっと一般的なものととらえた方がいいのでは？
＞あくまでも結合能の向上を見ていて、その他のタンパク質への結合は評価されていないので、確かにもともとのc-MybとKIXの選択性が保たれているかどうかという点は分からないですね。
まあそれは論文読まないと詳しいことはわかりませんが、そこは論点ではなさそうですが、、、No.11868-7 で念を押されてますが、、、
＞プチド設計のヒント、
私は素人ですのでいい解答かどうかわかりませんが、
ランダムコイルになるであろうオリゴペプチドであっても単独である程度安定な構造というのがあって、それは熱力学的に計算できるようです。その安定な構造がポケットにはまるなら、結合はより強いと思われますし、ポケットにははまるが、その構造はペプチド単体ではそんなに安定でなければ結合は弱くなると考えられます。だから好ましい結合のバックボーンをまず抽出して、オリゴ単体でそれに近い構造になるような配列を探るとかいうことがもしかしたらできるかもしれないと思いました。
また、結合するオリゴペプチドに構造的作用をして好ましい構造になるようなペプチドをつなげておくという手も取れるかもしれません。 |
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