>[Re:1] 初心者さんは書きました :
> SDS-PAGEで、あるタンパク質が実際の分子量に比べて高分子側に (移動度が小さい) 検出されます。これは、このタンパク質のどのような性質に起因しているんでしょうか ? 2-メルカプトエタノールは、SDS サンプルバッファーに加えています。
>
実際の分子量が分かってるんですか?そうじゃなくってアミノ酸による推定分子量だと察しますが。
まず、修飾によるもの。糖鎖付加とか、メチレーションとか、アセチレーションとか、おきしでーしょんとかユビキチンとか、燐酸化とかいろんな理由で推定分子量と、実際の分子量が違う可能性があります。
しかしながら、実際の分子量が分かったからといって、その通りの位置に来るとも限りません。まずはトータルの電荷がどれくらいになるのかです。SDSがタンパク1gたいしてだいたい1.4-1.7gつくとされていますが、これはアミノ酸の配列や組成によって変わるだろうという想像はだれでもつくと思います。
またペプチド内のCーCの回転の自由度と制約からみても同じ長さのポリペプチでも何通りかのパターンがあり、そのパターンによりポリアクリルあみどのポアの抜け方が違ってくることは想像できます。
また局所的に疎水性が強いところはSDSが多くつくかもしれません。そうするとSDSの負電荷でより強く反発し合うので、その部分はピンと伸びて、曲がったりする柔軟性が乏しくなったりする可能性もあるかとおもいます。そうするとポリアクリルあみどのポアを抜けるのに不利になるかもしれません。
まあ想像ですので必ずしも正しくはないでしょうが、いくらでも可能性が考えられます。 |
|
このスレッドをはてなブックマークに追加