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T7E1アッセイ後の不鮮明なバンドを改善したい トピック削除
No.11944-TOPIC - 2023/11/24 (金) 17:42:27 - AE
PCR産物に対してT7E1アッセイとアガロースゲル電気泳動を行っているのですが、電気泳動後に鮮明なバンドを得ることができません。ややぼやけたバンドで、下に行くにつれてレーンごと太くなるという不可解な泳動図になってしまいます。
同時に流しているT7E1アッセイ前のPCR産物のバンドは鮮明であること、マーカーも正常に分離していることからゲルやPCR、大本のサンプルに問題がある可能性は低いと思われます。
使用するH2Oを変えたり、ゲルの厚さや扱いに気を使ってみたりと様々な可能性を考慮して繰り返し実験を行っていますが、必ずT7E1後のバンドのみが上述のような状態になってしまい、手詰まりの状態です。
どなたか原因にお心あたりの方はおられませんでしょうか?
 
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No.11944-7 - 2023/11/28 (火) 11:49:26 - 塩
反応バッファーの塩濃度が泳動に影響しているということはないですか?
水で2-3倍に希釈して泳動すると改善するかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.11944-6 - 2023/11/28 (火) 11:48:57 - おお
KO操作後クローン化した細胞ですか?それともクローンを得ないでどれくらいがKOされているかの評価ですか?
Nuclease 処理するため、切れ方などでヘテロになるかもしれないので、ある程度スメアになるものかもしれません、特に後者だと。
また、反応系の何らかの持ち込むが泳動に影響することもあるでしょうからほんというとG25スピンカラムとか(エタ沈でもいいけど)で除いてしまうのがベストかもしれませんが、わざわざそこまでするかという気もしますので、ロードするサンプルの量を半分にするとかでも改善する可能性はあると思います。

(無題) 削除/引用
No.11944-5 - 2023/11/28 (火) 11:24:32 - のなめ
泳動時にFinal 0.1%くらいになるようにSDSを加えると改善するかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.11944-4 - 2023/11/28 (火) 10:10:19 - AE
すみません。読み間違えてしまいました。
QuickTaqを使ってPCRを行っています。

(無題) 削除/引用
No.11944-3 - 2023/11/28 (火) 10:07:06 - AE
0.5%TBEです

(無題) 削除/引用
No.11944-2 - 2023/11/24 (金) 18:16:04 - のなめ
お使いのLoading Bufferの組成は何でしょうか?

T7E1アッセイ後の不鮮明なバンドを改善したい 削除/引用
No.11944-1 - 2023/11/24 (金) 17:42:27 - AE
PCR産物に対してT7E1アッセイとアガロースゲル電気泳動を行っているのですが、電気泳動後に鮮明なバンドを得ることができません。ややぼやけたバンドで、下に行くにつれてレーンごと太くなるという不可解な泳動図になってしまいます。
同時に流しているT7E1アッセイ前のPCR産物のバンドは鮮明であること、マーカーも正常に分離していることからゲルやPCR、大本のサンプルに問題がある可能性は低いと思われます。
使用するH2Oを変えたり、ゲルの厚さや扱いに気を使ってみたりと様々な可能性を考慮して繰り返し実験を行っていますが、必ずT7E1後のバンドのみが上述のような状態になってしまい、手詰まりの状態です。
どなたか原因にお心あたりの方はおられませんでしょうか?

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