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遺伝子過剰発現実験について トピック削除
No.12008-TOPIC - 2023/12/14 (木) 10:44:24 - 過剰発現
ある遺伝子の過剰発現実験をする時、プロモーター下に目的遺伝子を挿入したベクターを使います。

そこでお伺いしたいのは挿入する目的遺伝子はmRNAから逆転写したcDNAを鋳型にPCRで増幅させた遺伝子断片を入れるとして、設計するプライマーは開始コドン前の領域は入れた方がいいのでしょうか?それとも開始コドンギリギリでも過剰発現は成り立つのでしょうか?
 
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No.12008-7 - 2023/12/15 (金) 15:07:35 - あああ
過剰発現というのは、どのくらいの発現量を期待しているのでしょうか。
精製したりドミナント実験なのですか。それともある程度発現してくれればいいというレベルなのか気になります。

(無題) 削除/引用
No.12008-6 - 2023/12/15 (金) 08:06:31 - コサック連隊長
私もおおさんと同じくKozak配列を入れるようにしてます。

>細胞内で何らかの制御がもしある
基本的にそういう制御があるのが当然な気がしてしまうのと

>その遺伝子独自の配列
を入れようとなるとじゃあ必要な長さはどれ位?とか色々可能性を考えて悩んでしまうので。単なる強制発現ならKozak配列がシンプルでいて発現を強力に誘導する(実際にいくつかの遺伝子で比較したことがある)ので楽ちんです。

私はaccATG(スタートコドン)で作ってます。人によってはccaccATGだったり、accATGgだったりするようです。特にATGの後ろのgが大事だと力説されたことがあるのですが、アミノ酸配列変わる場合があるよね?それは嫌だな、というのでaccのみです。今まで発現ベクターは10種類以上作ってきたけれど、これで問題になったことは無いです。

(無題) 削除/引用
No.12008-5 - 2023/12/15 (金) 02:55:37 - おお
わたしは、典型的なKozacを入れるようにしています。そのようなConstructionの仕方はThermofisher(インビトロジェン)に解説があります。cDNAのMet上流にあるその遺伝子独自の配列は細胞内で何らかの制御がもしあると使いにくくなるので。

ご回答ありがとうございます。 削除/引用
No.12008-4 - 2023/12/14 (木) 16:20:57 - 過剰発現
ご回答ありがとうございます。
大変参考になりました。

(無題) 削除/引用
No.12008-3 - 2023/12/14 (木) 12:02:00 - G25
開始コドンの-4~5数塩基に翻訳開始コンセンサス配列があるというのがコンセンサスでしょう。よく知られているものはKozak配列というやつ。
必ずしもKozakでなくてもよいけど、へたな配列が置かれると転写効率が低くなる可能性があるので、開始コドンからのcDNA断片を入れるならその直前に自前でKozak的な付加しておくのが安全。それよりも最初から開始コドンの少し上流からのcDNAを使うのがストレートでしょう。転写開始が保証されてる配列ですから。

遺伝子過剰発現実験について 削除/引用
No.12008-1 - 2023/12/14 (木) 10:44:24 - 過剰発現
ある遺伝子の過剰発現実験をする時、プロモーター下に目的遺伝子を挿入したベクターを使います。

そこでお伺いしたいのは挿入する目的遺伝子はmRNAから逆転写したcDNAを鋳型にPCRで増幅させた遺伝子断片を入れるとして、設計するプライマーは開始コドン前の領域は入れた方がいいのでしょうか?それとも開始コドンギリギリでも過剰発現は成り立つのでしょうか?

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