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TAクローニング時の疑問です。 トピック削除
No.12113-TOPIC - 2024/01/29 (月) 17:33:34 - TATA
お世話様です。

TA cloningを行う前に、KOD Oneで増幅したPCR産物に直接Taqポリメラーゼを加えてA-tailingしていますが、Taqを加える前にカラムで精製すべきでしょうか?

さもないと、TaqによるA-tailが、KOD Oneにより除かれてしまいかねないではと疑問があります。
教えていただけたら嬉しいです。
 
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No.12113-7 - 2024/02/02 (金) 14:42:58 - wwn
Zelo Blant使ったことあります。(それこそ15年以上くらい前)
その時感じた印象は
突出末端より効率は悪い。
TOP10を使った方が明らかに良かった。(必須と言っても過言では無い印象)
です。
TA cloningはIn-Fusionが出るまではよく使っていましたが、こちらではもう出番はなさそうです。
*他のラボメンバーは試薬の存在すらしらないかも

(無題) 削除/引用
No.12113-6 - 2024/01/30 (火) 09:33:54 - のなめ
横からですいませんが、Blunt end cloningの試薬を使ったことがないのですが、効率ってTAと比べてどんなもんなんでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.12113-5 - 2024/01/30 (火) 09:33:21 - TATA
み様

ありがとうございます。
ラボに眠っていたキットを使えたらと思いまして、質問させていただきました。
Blunt endでのTA cloningキットもあるのですね。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.12113-4 - 2024/01/30 (火) 09:32:17 - TATA
G25様

ありがとうございます。
TAクローニングは15年ぶりに行うもので、キットそのものも15年とか20年前のものでした。
なので最新のは手元にありません。
一応予備検討でワークすることは確認できているので、それで行えたらと。

その際にはPrime Star Maxで増やした後、精製せずに、Taq polを加えて72度、10 min反応させてからTA cloningをしたのですが、うまくいきました。

今思えば、カラムでPrime Star Maxを除いてからTaqを加えた方が効率はずっと高かったろうということでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.12113-3 - 2024/01/29 (月) 18:50:43 - み
KODはblunt末端やから わざわざアデニン付加してTA cloningせんでも
Zero Blunt® TOPO®ベクターというblunt末端クローニングキットに直接入れたらええがな。

(無題) 削除/引用
No.12113-2 - 2024/01/29 (月) 18:08:55 - G25
>さもないと、TaqによるA-tailが、KOD Oneにより除かれてしまいかねないではと疑問があります。

そのとおり。
カラムあるいはPCI抽出などでKODを除去する必要があります。

あるいは、KODのPCR産物をTAクローニングするためのこんな製品もあります。
https://lifescience.toyobo.co.jp/detail/detail.php?product_detail_id=146
抗体でKODの3'活性をブロックしながらdA突出付加反応をおこないます。

TAクローニング時の疑問です。 削除/引用
No.12113-1 - 2024/01/29 (月) 17:33:34 - TATA
お世話様です。

TA cloningを行う前に、KOD Oneで増幅したPCR産物に直接Taqポリメラーゼを加えてA-tailingしていますが、Taqを加える前にカラムで精製すべきでしょうか?

さもないと、TaqによるA-tailが、KOD Oneにより除かれてしまいかねないではと疑問があります。
教えていただけたら嬉しいです。

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