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hg19とhg38の配列情報の違いについて トピック削除
No.12150-TOPIC - 2024/02/10 (土) 20:59:57 - gios
現在ある遺伝子のプロモーター領域についてしらべています。

プロモーター領域の塩基配列をUCSC調べたところ、同じ遺伝子でもリファレンスがhg19とhg38とでは塩基配列が異なっていました。(もちろん遺伝子そのものの塩基配列は同じです)

ネットで調べると、リファレンスが異なれば配列情報も異なるとあったのですが、その意味がよく理解できず苦戦しております。

ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示いただきたいです。
よろしくお願いいたします。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.12150-3 - 2024/02/17 (土) 09:24:22 - gios
おお さん

>>色々と違いますが、19で読めてない領域が改善されていたりしますので、そう言うギャップが埋まったと言うのが一つの可能性では?

そういうことが可能性として起こりうるのですね。
参考になりました。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.12150-2 - 2024/02/11 (日) 06:19:43 - おお
Updated Assembly: HG38 provides a more complete and accurate representation of the human genome, with fewer gaps and numerous sequence updates. HG38 altered 8,000 nucleotides and expanded the coverage to approximately 95% of the human genome, compared to ~92.5% in HG19. This enhanced accuracy is pivotal for clinical diagnostics, given the importance of precision in making accurate diagnoses and developing effective treatment plans. This is likely to be improved even further as clinicians move towards adopting the gapless T2T-CHM13 reference genome in the coming years3.

https://www.nostos-genomics.com/news/decoding-genomes-the-evolution-from-hg19-to-hg38

色々と違いますが、19で読めてない領域が改善されていたりしますので、そう言うギャップが埋まったと言うのが一つの可能性では?

hg19とhg38の配列情報の違いについて 削除/引用
No.12150-1 - 2024/02/10 (土) 20:59:57 - gios
現在ある遺伝子のプロモーター領域についてしらべています。

プロモーター領域の塩基配列をUCSC調べたところ、同じ遺伝子でもリファレンスがhg19とhg38とでは塩基配列が異なっていました。(もちろん遺伝子そのものの塩基配列は同じです)

ネットで調べると、リファレンスが異なれば配列情報も異なるとあったのですが、その意味がよく理解できず苦戦しております。

ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示いただきたいです。
よろしくお願いいたします。

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