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アガロースゲルでの多型選抜 トピック削除
No.12182-TOPIC - 2024/02/20 (火) 20:57:35 - びびり子
実験初心者です。昨年から実験室に入りました。よろしくお願いします。
800bp程のマーカーを利用して植物体の選抜をすることになりました。
TAEのアガロース2%で電気泳動したところ、僅かな差で多型判別は無理でした。
4%まで濃度を上げてみたのですが、バンドが伸びたような形になり上手くいきませんでした。
アガロースSで判別できる方法が他にありますでしょうか？
　
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No.12182-9 - 2024/02/21 (水) 20:12:20 - びびり子
ねずみ様　
ありがとうございます。
仰る通りでした。
4%では全く駄目で1.2%の方が良かったです。

おお様
シーケンスも出してみることにしました。
プライマー作り直すことを考えます。。
丁寧にありがとうございます。先が見えてきました。

G25様
ありがとうございます。
早速、購入をお願いしました。
アガロース21とか知らなかったのです。。
サイズマーカー画像も確認しました。
困っていたので凄く助かりました。

皆様お忙しい中、コメントをありがとうございました。
何のお返しもできず、申し訳ないような気持ちです。
その分、実験頑張ります。感謝感謝です。

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No.12182-8 - 2024/02/21 (水) 10:31:31 - G25
>アガロースSで判別できる方法が他にありますでしょうか？

黙って低融点アガロースまたは低分子量用アガロースを使うのが早道。
アガロースSの姉妹品で選ぶなら、アガロースXやアガロース21など
https://www.nippongene.com/siyaku/product/agarose/agaroses/agarose-21.html

(無題) 削除/引用
No.12182-7 - 2024/02/21 (水) 09:11:32 - おお
>[Re:6] ねずみさんは書きました :
> どれくらいの差を見たいのかわかりませんが、800 bp付近なら2%よりも1.2%くらいのほうが分離が良い気がします。4%だとかえって差が見えなくなりませんか？

agree

(無題) 削除/引用
No.12182-6 - 2024/02/21 (水) 08:28:22 - ねずみ
どれくらいの差を見たいのかわかりませんが、800 bp付近なら2%よりも1.2%くらいのほうが分離が良い気がします。4%だとかえって差が見えなくなりませんか？

(無題) 削除/引用
No.12182-5 - 2024/02/21 (水) 08:04:12 - びびり子
おお様
ありがとうございます！早速検討してみます。

774R様
質問内容が稚拙ですみません。
おお様の認識の通りでした。

(無題) 削除/引用
No.12182-4 - 2024/02/21 (水) 03:31:18 - おお
長さでということで、800bpで見にくいのであれば、制限酵素でフラグメント化して差が見やすい長さにすることはできるかもしれない。あ、そうか８００ならちょっとアクリルアミドではしっかり流さないと難しいかもですね。

プライマー設定し直したほうが良さそうではある。２５０bpでいくらかオーバーラップさせて４つとか。でPAGEで流せばちゃんとやれば数ベースの違いは見れる。もしかからないセットがあったならそのプライマーのところがやられているというのもわかるし。

でも正直、シーケンス読んだほうが早くて確実だと思うけどね。

(無題) 削除/引用
No.12182-3 - 2024/02/21 (水) 02:33:40 - おお
数ベースの長さの違いならポリアクリルアミドを使ってみては。

長さで区別つかないならSingle-Strand Conformation Polymorphism (SSCP) Analysistというのもあるよ。

(無題) 削除/引用
No.12182-2 - 2024/02/20 (火) 22:42:56 - 774R
「多型」を具体的にどうぞ

アガロースゲルでの多型選抜 削除/引用
No.12182-1 - 2024/02/20 (火) 20:57:35 - びびり子
実験初心者です。昨年から実験室に入りました。よろしくお願いします。
800bp程のマーカーを利用して植物体の選抜をすることになりました。
TAEのアガロース2%で電気泳動したところ、僅かな差で多型判別は無理でした。
4%まで濃度を上げてみたのですが、バンドが伸びたような形になり上手くいきませんでした。
アガロースSで判別できる方法が他にありますでしょうか？
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