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WB,IP用の一次抗体の違い トピック削除
No.12237-TOPIC - 2024/03/22 (金) 10:18:31 -
初学者です。

基礎的な質問ですいません。

アプリケーションでWB用となっている一次抗体と、IP用となっている一次抗体は構造的?に何が違うのですか。

例えばIP用となっているものをWBに使用したことはありますか?

ご教授いただければ幸いです。
 
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No.12237-7 - 2024/03/22 (金) 20:34:41 - jjj
IP, WB両方に適用可能な抗体はもちろんたくさんありますが、そうでないものもたくさんあります。そういったことは抗原の中の、抗体が認識する部位や構造によると思われます。例えば、もともと大きな分子である抗体の認識する部位が抗原分子の内部に隠れていたり、表面でも構造上抗体が近づきにくい場所だったりすると天然状態(未変性状態)のままでは抗体は抗原とうまく反応できませんので、WBでは使えてもIPでは使えないということになります。また抗体が高次構造を認識するようなものですと、IPでは使えるけれど、たんぱく質の完全変性を伴うWBでは使えないということになります。

メーカーの社内実験で、WB/IPその他いくつかの手法で使用してみて、実験的に使えることが確認されたものについて、データシートに記載されていると思われます。ただ必ずしもすべてのアプリケーションを検討してるわけではないことも多いと思うので、書いていないからといって必ずしも使えないとは限らないです。
また論文でその抗体をWB/IP/IHCなどに実際に使用している例があることを根拠に、適用可能と判断して記載してることもあります。
抗原部位や抗体の特性から適さないことが明らかならば、あえて、〜への適用は勧めません、と記載されていたりすることもあります。

ただ、いずれもあなたの実験目的や実験条件と同一というわけではないと思うので、データシートに書いてあるからといって、自分の実験でも同様に使えるはずとも限りませんし、もちろん条件次第では逆もありえます。ご自身でもご自身の実験系で適否を検討されることが望ましいと思います。

(無題) 削除/引用
No.12237-6 - 2024/03/22 (金) 18:40:07 -
皆さまありがとうございました。
大変、参考になりました。

(無題) 削除/引用
No.12237-5 - 2024/03/22 (金) 14:19:23 - G25
抗体の構造なんて大差ないでしょう。
おそらく標的の状態や性質によるのでは。

例えば、WB用は非変性だとエピトープがアクセスしにくい位置にあり変性タンパク質でないと反応しにくいとか。
逆に用途がIPしか記載されていない抗体があるとしたら、変性状態でも組織標本の中でも反応しにくく、in vitroのsuspension中ならよく反応するとか?


能書きにWB用とある抗体で免疫染色を試みたことはありますが、workするものもしないものもある。
能書きになんと書いてあろうと、やってみなければわからないところがある。

(無題) 削除/引用
No.12237-4 - 2024/03/22 (金) 12:52:16 - おお
構造的にはほとんど一緒でしょう。
抗体がなにか学んでいる人ならわかると思いますが、variable regionがエピトープを認識するわけですが、違う抗体ならその部分が違うだけです。ただしポリクローナル抗体なら多種のvariable regionの配列が違った抗体の混合物だと言えます。

そもそもこの構造だからIPに使えるとかいう明確な分類はできるわけでなく、抗体を作ったときにその抗体がどんなアプリケーションに使うか、使いたいかで、実際にIPに使ったらワークしたのでIP用、ELISAでワークしたのでELISA用として使えるとして販売されているのがたいていです。場合によってはWBでワークしたのは確認済みでIPでワークするかどうか確認してないので、アプリケーションにIPを記述してないような場合もあります。

ごく一部の抗体についてはなぜIPにしか使えないのかとか調べられてはいると思うが、想像できることとしては、ターゲットの蛋白のエピトープ部位がある程度構造を保っていなかったら抗体が認識できないならIPには使えるが変性させた条件で検出するWBには使えない。タンパク質が細胞内に存在するような構造と取っていると、エピトープ部位がその構造的に内部にあれば、外から抗体が認識できないからIPできないけど、変性してそのエピトープが露出していることが期待できるWBでは使えるなどがあり得る説明かと思います。

(無題) 削除/引用
No.12237-3 - 2024/03/22 (金) 12:51:20 - 独り言
抗体としては同じです。
その抗体がWBに使えたのか、IPに使えたのか、実験的に使用できたという意味でアプリケーションが記載されます。

ただ、メーカーの使用アプリケーションが100%正しいとも決まっておらず、IPに使えると書いているが、実際にはそほれどでもなかったり、IPに使用できるとは書いてないが、実際に使ったら、IPできたりします。

IP用のものでも、多くのものがWBに使用できると思います。

(無題) 削除/引用
No.12237-2 - 2024/03/22 (金) 10:30:50 - あ
そもそもタンパク質として全く違く抗体タンパク質です。

WB用に使えること、あるいはIP用に使えることを実験的に確認済という意味です。IP用をWBに使えるかは、その抗体をWBに使っている論文を探すか、自分で試さないとわかりません。メーカーに問い合わせるのも方法です。

WB,IP用の一次抗体の違い 削除/引用
No.12237-1 - 2024/03/22 (金) 10:18:31 -
初学者です。

基礎的な質問ですいません。

アプリケーションでWB用となっている一次抗体と、IP用となっている一次抗体は構造的?に何が違うのですか。

例えばIP用となっているものをWBに使用したことはありますか?

ご教授いただければ幸いです。

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