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(無題) 削除/引用 No.12270-3 - 2024/04/12 (金) 17:08:43 - Ca おお様 ご返信ありがとうございます。 本日もう一度、全く同じ配列でblastにかけてみるとなぜかきちんとかかってきました。 調子の悪い日などあるんですかね・・・ お騒がせしました。

(無題) 削除/引用 No.12270-2 - 2024/04/12 (金) 02:30:15 - おお 適当にアクチンのプライマー配列検索してブラストかけたらちゃんとかかってるみたいですけどね。 Query 1 CACCATTGGNNATGAGCGGTTC 22 ||||||||| ||||||||||| Sbjct 12799771 CACCATTGGCAATGAGCGGTTC 12799750 Query 1 CACCATTSGCAATKAGCGGTTC 22 ||||||| ||||| |||||||| Sbjct 12799771 CACCATTGGCAATGAGCGGTTC 12799750

ミックス塩基プライマーのblast検索について 削除/引用 No.12270-1 - 2024/04/11 (木) 16:17:20 - Ca いつも勉強させていただいております。 トピック名にもあるように、 ミックス塩基を含んだプライマー配列をblast検索する方法を探しております。 現在、あるウイルスの遺伝子に関して、qPCRで解析しようとしています。そのウイルスは遺伝子型が複数存在し、遺伝子型を問わずにまとめて検出したいので、どうしてもプライマー配列にミックス塩基が入ってしまっています。 この作製したプライマー配列がその他の生物種が持たない配列かどうかを確認するために、blastで検索をかけたのですが、 標的ウイルスの遺伝子配列も引っかかってこない状況です。 ちなみに、ミックス塩基でないある遺伝子型の配列を入力すると、きちんと検出したい遺伝子配列が引っかかります。 このような場合、ミックス塩基を含むプライマー配列は検索できずに、ミックス塩基でない配列を一つ一つ検索するしかないのでしょうか。 もしご存じの方がいましたら、ご教示いただけますと幸いです。 よろしくお願いいたします。

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