Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

マウス運動量の測定について トピック削除
No.12323-TOPIC - 2024/05/20 (月) 12:57:58 - むに
いつもフォーラムを拝見し勉強させていただいております。

表題の通りですが、オープンフィールドテスト用ケージを使用して、マウス(ICR)の運動量を測定したいと思っています。
しかし、所属ラボや近くのラボでこのような実験をしている人がいないため、解析用ソフトがありません。
ソフトの購入も現実的ではないため、無料で解析する方法を探しています。
なにか心当たりのある方がいらっしゃいましたら、ご教授いただきたいです。よろしくお願いいたします。

ImageJを使って解析する方法にはトライしてみましたが、うまく追跡できませんでした(座標を出力すると、1フレーム後に10cm以上移動したことになっているなど)。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.12323-3 - 2024/05/20 (月) 15:38:56 - むに
> 1フレームで過大に移動距離が算出されるなら重心の検出がおかしいか、pixelあたりの距離の校正がされていないかどちらかではないかと思いますがそのあたりは確認されていますでしょうか?

ご返信いただきありがとうございます。
pixel当たりの距離の校正についてはset scaleで対処するものとして認識があっていれば確認できています。

一方重心の検出の正確性については意識できていなかったので確認します。ここに問題があるのかもしれません。



派生した質問にはなってしまうのですが、ImageOFの作動環境がうまくセットアップできているか確認したいのですが、
インストール時についてくるテキストファイル以外に、なにかセットアップ方法などが説明されているもの(サイトでも論文でも)を見かけたことがありましたらご教授いただけると幸いです。
自分でも探してみたものの見つけることができませんでした。。

(無題) 削除/引用
No.12323-2 - 2024/05/20 (月) 14:19:33 - AA
既に試されたとのことなのですが、やはりImageJのプラグイン(ImageOFなど)を使うのが一般的かと思います。
原理的には2値化した画像からマウスの形態を検出し、重心位置のフレームごとの位置の差から移動距離を算出する非常にシンプルな仕組みなので、これでうまく行かないなら別のやり方をご自分で検討されてもうまく行かなそうです。
1フレームで過大に移動距離が算出されるなら重心の検出がおかしいか、pixelあたりの距離の校正がされていないかどちらかではないかと思いますがそのあたりは確認されていますでしょうか?

マウス運動量の測定について 削除/引用
No.12323-1 - 2024/05/20 (月) 12:57:58 - むに
いつもフォーラムを拝見し勉強させていただいております。

表題の通りですが、オープンフィールドテスト用ケージを使用して、マウス(ICR)の運動量を測定したいと思っています。
しかし、所属ラボや近くのラボでこのような実験をしている人がいないため、解析用ソフトがありません。
ソフトの購入も現実的ではないため、無料で解析する方法を探しています。
なにか心当たりのある方がいらっしゃいましたら、ご教授いただきたいです。よろしくお願いいたします。

ImageJを使って解析する方法にはトライしてみましたが、うまく追跡できませんでした(座標を出力すると、1フレーム後に10cm以上移動したことになっているなど)。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。