Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

プライマー・プローブ設計の質問 トピック削除
No.12444-TOPIC - 2024/07/15 (月) 11:57:49 - たまご
お世話になります。
研究の世界に入って1年の新米です。

現在リアルタイムPCRのプライマーとプローブの設計をしています。
そこで、2点ご教授願います。

1.プライマーとプローブの特異性について
プライマーは目的の遺伝子に特異的な配列に設計しなければならないことは理解しています。一方でプローブはどうなのでしょうか?
Forward primerとReverse primerの間にくっつくような配列にすれば、特異性はあまり重要でない気がします。
プローブにも特異性は必要なのでしょうか?

2.transcript variantについて
transcript variantとはなんでしょうか。転写される配列は異なるが、翻訳されるタンパク質は同じものという認識でしょうか?
リアルタイムPCRのプライマー設計の際には、transcript variantは区別してプライマーを設計するべきなのでしょうか?

ご回答いただけると幸いです。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.12444-4 - 2024/07/16 (火) 14:38:03 - たまご
おおさん、Dohn Joeさん

ご回答いただきありがとうございました。

プローブについては、確かにアンプリコン内の特異性は見落としていました。
ありがとうございます。確認してみます。

transcript variantについては、ご回答を元にもう少し自分で調べてみます。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.12444-3 - 2024/07/15 (月) 21:17:44 - Dohn Joe
transcript variant

「ある特定の遺伝子領域から転写された複数種類の転写産物」とすると単純でよいと思いかけました。
でもこの説明だと、トップストランドとボトムストランドに分かれて同じ領域に存在する複数遺伝子の転写産物が該当してしまうかな。

(無題) 削除/引用
No.12444-2 - 2024/07/15 (月) 15:24:50 - おお
>[Re:1] たまごさんは書きました :
> お世話になります。
> 研究の世界に入って1年の新米です。
>
> 現在リアルタイムPCRのプライマーとプローブの設計をしています。
> そこで、2点ご教授願います。
>
> 1.プライマーとプローブの特異性について
> プライマーは目的の遺伝子に特異的な配列に設計しなければならないことは理解しています。一方でプローブはどうなのでしょうか?
> Forward primerとReverse primerの間にくっつくような配列にすれば、特異性はあまり重要でない気がします。
> プローブにも特異性は必要なのでしょうか?

少なくともアンプリコンに対して特異性がある必要があります。例えば見た配列があり、複数箇所アンプリコンの付いたならノイズになる可能性がありますから。
>
> 2.transcript variantについて
> transcript variantとはなんでしょうか。転写される配列は異なるが、翻訳されるタンパク質は同じものという認識でしょうか?

Splicing variant/isoform で調べてみてください。大抵がそういうものだと思います。
>

プライマー・プローブ設計の質問 削除/引用
No.12444-1 - 2024/07/15 (月) 11:57:49 - たまご
お世話になります。
研究の世界に入って1年の新米です。

現在リアルタイムPCRのプライマーとプローブの設計をしています。
そこで、2点ご教授願います。

1.プライマーとプローブの特異性について
プライマーは目的の遺伝子に特異的な配列に設計しなければならないことは理解しています。一方でプローブはどうなのでしょうか?
Forward primerとReverse primerの間にくっつくような配列にすれば、特異性はあまり重要でない気がします。
プローブにも特異性は必要なのでしょうか?

2.transcript variantについて
transcript variantとはなんでしょうか。転写される配列は異なるが、翻訳されるタンパク質は同じものという認識でしょうか?
リアルタイムPCRのプライマー設計の際には、transcript variantは区別してプライマーを設計するべきなのでしょうか?

ご回答いただけると幸いです。

4件 ( 1 〜 4 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。