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(無題) 削除/引用 No.12764-3 - 2024/12/30 (月) 09:30:37 - 774R ＞バンドの確認は意味があるのかなと考えています。 いろいろと状況がわからない質問内容ですが、 バンドが確認できないサンプルをシーケンスに出すのは論外です。

(無題) 削除/引用 No.12764-2 - 2024/12/29 (日) 11:46:06 - G25 もっと適切な用語を使ってポイントを突いた情報が欲しいところ。 1. 新株？ 何の？ 2. どういう手法の全ゲノムシークエンス？ 3. 二本に分かれてというのはcontigなりscaffoldのことですよね？ 二つのcontig間のギャップがどのくらいの長さがあるか(PCRで増幅できる距離か)、どの配列をプライマーにすればギャップを埋めることができるかなど情報はあるわけですか？ 新株ということは同種異株のリファレンス配列があるんじゃないでしょうか。 その上で、ギャップをPCRで埋められそうか、サイズがどのくらいになるか、目処が立ってのことではないのですか？ もちろん、サイズが未知であろうとPCR産物を泳動し必要な精製をする必然性はあります。 増えているかどうか、産物がシングルで副産物がないかどうかがわからないじゃないですか。 綺麗なシングルバンドであればゲル抽出じゃなくても、カラム精製やExoSAPなどで脱プライマー、脱dNTPすれば十分です。

新株　シーケンス解析に送る前のPCR産物について 削除/引用 No.12764-1 - 2024/12/29 (日) 11:05:02 - 研究初心者 新株の全ゲノム解析を目的とし、以前外部委託したのですが結果は、塩基配列が二本に分かれている状態で返ってきました。これを一本にしたいので、もう一度プライマーを利用してPCRにかけ、シーケンス解析に回そうと思っています。 シーケンス解析に回す前に行う作業として、PCR後はゲル抽出をする必要はあるのでしょうか。 PCR後、電気泳動でバンドを見ると思いますが、今回の場合は新株のためプライマー間の大きさが分からないのでバンドの確認は意味があるのかなと考えています。 大きさはわからないが、ちゃんと増幅されているかの確認を電気泳動で行い、その後ゲル抽出をやった後シーケンス解析に回すということで良いのでしょうか。

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