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(無題) 削除/引用 No.1310-16 - 2013/01/08 (火) 15:20:33 - 農学系院生 qq様 今autodock4を正常に完了する事が出来ました。 PyMolは持っていないのでautodocktoolsで解析したいと思います。 今回、丁寧で的確なご助言を多く頂き本当にありがとうございました。 農学分野で研究するにあたって、生物学、化学だけでなくコンピュータの知識も必要だと痛感し、とても勉強になりました。 これから自分なりに知識を増やしていきたいと思いますが、また何かの時にはよろしくお願い致します。 本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1310-15 - 2013/01/08 (火) 13:26:26 - 農学系院生 qq様 丁寧なご回答ありがとうございます。 ご教授頂いた通り、dpfファイル内で該当箇所の#との間にスペースを挿入し、コマンドでautodock4を実行しました。 すると、コマンドラインにエラー表示は無く、タスクマネージャで確認するとautodock4.exeが実行中と確認出来ました。 ですが、マルチコアに対してautodock vinaではなくautodock4を用いているためか、CPU及びメモリの使用率は25%という低い状態で、2時間近く動き続けています。 また、D:\testフォルダには0kbのdlgファイルが表示されています。 この状態でもうしばらく待ってみようと思います。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.1310-14 - 2013/01/08 (火) 11:11:53 - qq ＞autodock4: I'm sorry; I can't find or open "タンパク質ファイル名.maps.fld#" ファイル名が違います。どこかで、スペースが削れたのですね。DockingParameterFile.dpfをsakura editorで開いて、タンパク質ファイル名.maps.fld#　のfld＃の間に半角スペースを挿入し、タンパク質ファイル名.maps.fld #　　に変更してください。 同様な箇所があれば、同様にdpfファイル中のファイル名と＃の間に半角スペースを挿入してください。 それでもうまく行かないようなら、autogrid4からコマンド実行するべきでしょう。 mapファイルには、ファイル場所を指定する行があるようなので、ここもアヤシイかもしれません。 まあ、中古の2Gメモリ程度のデスクトップPCであれば、WinからLinuxに変えても、それほど惜しくないかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1310-12 - 2013/01/08 (火) 10:44:49 - 農学系院生 qq様 何度も丁寧にご回答いただき誠にありがとうございます。 ご教授頂いた通りD:\testのディレクトリに移動してautodock4の実行を行ってみました。 すると autodock4: I'm sorry; I can't find or open "タンパク質ファイル名.maps.fld#" autodock4: FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "タンパク質ファイル名.maps.fld#" autodock4: Unsuccessful Completion. というエラーが表示されてしまいました。また、生成したdlgファイルも確認したところ同様の記述で止まっており、結果は表示されていませんでした。 qq様の研究室では正常に実行されたということですので、やはりこちらの設定の問題でしょうか。 設定をもう一度検討し、Linuxへの転向も検討していきたいと思います。 本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.1310-10 - 2013/01/08 (火) 09:46:02 - qq コマンドから実行するのを前提として、 １）名前を指定して実行で、cmdを立ち上げる。 ２）cd D:\test　として、D:\testに移動する。 ３）autodock4 -p dda.dpf -l dda.dlg　を実行する。 ４）数十分で終了するはずです。 ５）autodocktoolsで確認するもよし、pymolを持っていれば、dda.dlgをdda.pdbに名前変更して見ることもできます。 これで、どうだろうか？ こちらの研究室のwinでは、autodock4が正常終了しました。 あと、テキストファイルを読んだり書いたりするためには、ワードパッドは使わないで、sakuraと言う名前のeditorをインストールするべきです。 ちゃんと生成したdda.dlgは、最初の方は長々としたコメントで、後半は10個のdockingデータがついたファイルです。それもsakuraで見てみるとよろしいです。 あなたがCygwinで操作したときに、D:ドライブがmountできていなかったのかも知れませんね。 無責任な発言ではありますが、Winを捨ててLinuxに転向しても、全然不都合はありませんよ。

(無題) 削除/引用 No.1310-8 - 2013/01/07 (月) 19:02:06 - 農学系院生 qq様 ご回答ありがとうございます。 １) 生成したmapsファイルはD:testのフォルダに入っております。 ２) dpfファイルはワードパッドで読み込んだところ autodock_parameter_version 4.2 # used by autodock to validate parameter set 　　　　　　　　　　　　　　　・ 　　　　　　　　　　　　　　　・ 　　　　　　　　　　　　　　(中略) 　　　　　　　　　　　　　　　・ 　　　　　　　　　　　　　　　・ analysis # perform a ranked cluster analysis という内容のものが出来ていました。これで正しいのでしょうか？ ３) dpfファイルの名前は日本語を避けdda.dpfとしてあります。 ４)　 ご指摘頂いた通り、autodock4.exeとautogrid4.exeをC:\windowsにコピーし、 　　　C:\windows>autodock4 -p dda.dpf -l dda.dlg とコマンドを実行したところ 　　　autodock4: can't find or open parameter file　dda.dpf 　　　autodock4: Unsuccessful Completion. という、先ほどのcygwinと同じエラーが表示されました。 また、的外れかもしれませんが同じC:\windowsフォルダにdpfファイルやmapsファイルなどD:\testに入っていたファイルもコピーし、autodocktoolsのpreferenceのdirectoryもC:＼windowsに変更して同様のコマンドを実行してみました。すると、 　 　autodock4: I'm sorry; I can't find or open "タンパク質のファイル名.maps.fld#" 　　 autodock4: FATAL ERROR: autodock4: I'm sorry; I can't find or open "タンパク質のファイル名.maps.fld#" 　 　autodock4: Unsuccessful Completion. というエラーが表示されました。 長くなってしまい申し訳ないですが、この状況に関して何かご存知でしたらまたご教授をお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.1310-7 - 2013/01/07 (月) 17:39:29 - qq 思いつくまま、 １）まず、autogridをかけると多くのmapファイルが生成しますが、それらもtestのフォルダにできていますか？dockingに必須のファイルです。 ２）dpfファイルは、適当なエディタで読んでみましたか？ちゃんとできていそうでしょうか？ ３）dpfファイルのファイル名が日本語の可能性はないですよね？ファイル名は英数字のみにする方が安全です。 ４）autodock4.exeとautogrid4.exeをパスの通っているフォルダ（c:\windowsなど）にコピーして入れてしまう。それから、windowsのコマンドプロンプトで実行する。これならどうやら動くようです。

(無題) 削除/引用 No.1310-6 - 2013/01/07 (月) 16:35:39 - 農学系院生 qq様 ご回答ありがとうございます。 申し訳ないのですが使用環境について一つ訂正があります。 windowsのコマンドラインでは "autodock4"は内部コマンドまたは外部コマンド、操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。 というエラーが出るため、cygwinでコマンドを入力しています。 大変申し訳ありませんでした。 そして、 autodocktoolsのpreferenceのstartup directoryの指定は既にD:＼testとしてあります。 ご指摘頂いた通り(windowsのコマンドでは上記のエラーが出るのでcygwinの)コマンドでD:/test/の部分を取り除いて入力してみました。 すると今度は先ほどとは異なり 　　autodock4: can't find or open parameter file　ファイル名.dpf 　　autodock4: Unsuccessful Completion というエラーが表示されてしまいました。 これは.dpfファイルの作成の段階で何か間違っており、読み込めないということなのでしょうか？(一応.dpfファイルは作成はされていますが...) それとも設定上の問題なのでしょうか？ 何かご存知でしたらご教授お願い致します。

(無題) 削除/引用 No.1310-5 - 2013/01/07 (月) 15:20:14 - qq autodock4 -p D:/test/ファイル名.dpf -l D:/test/ファイル名.dlg のところはフルパスではなく、ファイル名だけにする必要があるでしょう。 autodocktoolsのpreferenceのところでdirectoryの指定があると思います。そこに全てのファイルを入れて、D:/test/を取り除いて、 autodock4 -p ファイル名.dpf -l ファイル名.dlg とすると動くのではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.1310-4 - 2013/01/07 (月) 13:48:34 - 農学系院生 qq様 早速のご回答ありがとうございます。 autodock4で必要なファイル(.pdbqt,.map,.fld)はすべて同じDドライブのtestというフォルダに入れてあります。また、autodock4とautogridも同じフォルダに入れてあります。 コマンドではMGLToolsのRun→Run autodockの項目で表示されたコマンド 　　　autodock4 -p D:/test/ファイル名.dpf -l D:/test/ファイル名.dlg としました。 また、回答を受けて/部を\に変えてみましたがやはり 　　autodock4: can't create log file D:＼test＼ファイル名.dlg 　　autodock4: Unsuccessful Completion となってしまいます。 「書き込み権の無いフォルダ」というのが分かりませんが、administer権限でPCを使用していますのでどのフォルダにも書き込めると思います。ご指摘いただいた意図と違っておりましたら申し訳ありません。 このような状況ですが何かご存じでしたらご教授お願い致します。 英語ですと細かい点の理解が苦しいのですが、MGLフォーラムへの質問も検討したいと思います。 また、PyRxも教えて頂きありがとうございます。 一度インストールしてみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.1310-3 - 2013/01/07 (月) 11:49:15 - qq ＞dpfファイルを作成後、dlgファイルを作成するときにエラーメッセージ ＞(...can't create log file...のような)が表示されてしまいます。 ここのところは、詳細に書かないとわからないですね。 コンソールの上で、 　　autodock4 -p parameterfile -l logfile としたのでしょうか？（私はlinuxなのでWINでどうするか、もう一つよく判らない） autodock4で必要なファイル（autodock4以外）のすべては一つのフォルダに入っている必要があったように思います。フォルダの区切りがwinでは'\'なのがそれ以外では'/'なので、そこも注意点かもしれません。書き込み権のないフォルダに書き込もうとしているのかもしれません。 英語で良ければ、MGLフォーラムに聞くのが良いです。作った人が答えてくれます。　　//mgl.scripps.edu/forum/ ＞複雑な設定なしにドッキングシュミレーションが行えるソフトを 同じautodockかvinaを使いますが、GUIの簡単なPyRxを使ってみてはいかがでしょうか？（PyRxでgoogleしてみなさいね）

autodock4(ドッキングソフト)の使い方 削除/引用 No.1310-1 - 2013/01/07 (月) 10:56:36 - 農学系院生 いつも勉強させて頂いています。 タンパク質と低分子のドッキングシュミレーションのために autodock4というソフトをwindows7 32bitの環境で使いたいと考えています。 そのためにautodockのサイトからwindows版のautodock4を ダウンロードおよびインストールしました。 また、autodocktoolsも合わせてダウンロードおよびインストールしました。 そしてマニュアル通りに進めていくと、 dpfファイルを作成後、dlgファイルを作成するときにエラーメッセージ (...can't create log file...のような)が表示されてしまいます。 インターネットで調べたところ、コマンドラインに直接指示を与えればよい という解決策があるようですが、その方法でも同じエラーが表示されて しまいます。 何か解決法をご存じの方はご教授お願い致します。 また、autodock以外にフリーで複雑な設定なしに ドッキングシュミレーションが行えるソフトを ご存じの方もご教授頂けると助かります。 使用しているPCはwindows7 32bitです。 LinuxおよびMacは使用できる環境にありません。 長くなりましたがよろしくお願い致します。

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