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Mass解析用のSypro Ruby染色後のバンド切り出し トピック削除
No.1318-TOPIC - 2013/01/09 (水) 02:41:34 - マス夫
IP精製して、結合タンパク質の同定を行っております。
silver染色によるMass解析ではいまいちだったので、解析室の方にSypro Ruby染色による切り出しを勧められました。クマシーが一番ですが、量的に難しいです。
Sypro Ruby染色で切り出す場合は、UVではなくBlue laserを使用しないといけないのですが、Blue laserでゲルを観察できるのがtyphoon FLA7000という機械しかもってません。これはスキャナーなので、Blue laserを当てながら切り出せるのか疑問です。
このようなスキャナー型で目的のゲルバンドを切り出せる方法はございますでしょうか？

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No.1318-7 - 2013/01/10 (木) 12:26:59 - よろしければ
UVやLEDを使った光源を扱っているメーカーの者です。
弊社のお客様には、SYPRO Rubyで染色したゲルの切り出し用に、（可視光を含まない）ゲル用のUV光源や青色LED光源をお使い頂いている方が多数いらっしゃいます。十分な感度が得られるかは解りませんが、デモ機もありますので、ご興味があれば、ご連絡ください。

(無題) 削除/引用
No.1318-6 - 2013/01/10 (木) 05:36:51 - マス夫
~様

ご助言ありがとうございます。
カバーガラスならコンタミの心配が少なそうですね。
練習してみます。

(無題) 削除/引用
No.1318-5 - 2013/01/09 (水) 19:33:38 - ~
よく読んだら1Dで泳動してバンドで切り出しているのですね。
私は2Dで泳動していたので、スポットを切り出していました。

>他に、やりやすい方法はございますでしょうか？
カミソリよりも安いので、カバーガラスを使って切り出していました。
コンタミ防止で各バンドごとに新しい器具で切ったほうがいいでしょうし、
間違えて自分の手を切る心配がカミソリよりもだいぶ減るかと思います。

>バンドの全体をギリギリ切り出すよりも、バンドの中側から小断片を得ればいいのでしょうか。
切り出した後は、ゲル内消化→抽出なのでしょうか？
そうであれば、バンド間さえ分離していれば、それほどコンタミや回収率の低下は生じないと思います。
バンドの中央以外を捨てても検出感度上問題がないのであれば、真ん中だけ抜き取ってもいいのかもしれませんが、
私ならばバンドとバンドの間にまず切れ目を入れて分けて、後は余裕があればトリミングすると思います。。

(無題) 削除/引用
No.1318-4 - 2013/01/09 (水) 18:46:28 - マス夫
おお様、~様
プリントアウトして重ねればかなり一致できますね
アドバイスありがとうございます。
確かにこれなら、目的のバンドを切り出せそうです。

ちなみに、ゲルからバンドを切り出す際にはカミソリの刃を使用しているのですが、
他に、やりやすい方法はございますでしょうか？

たくさんのバンドを切り出す予定なので、切り出し後に残りのゲルがバラバラになってしまう恐れがあるのです。
バンドの全体をギリギリ切り出すよりも、バンドの中側から小断片を得ればいいのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.1318-3 - 2013/01/09 (水) 09:42:13 - ~
その色素は使ったことがありませんが。

一度目のスキャンでは少し大きめに切りだし、
二度目のスキャンでスポットを切り出したほうがずれる心配が減るでしょう。

切り出した後は、切り出したスポットと残りのゲルをまとめてスキャンすると、ずれや取り残しを確認できて安心できますね。

(無題) 削除/引用
No.1318-2 - 2013/01/09 (水) 02:50:03 - おお
得られたイメージをプリントして、ラップやガラス越しに重ねて切り出せばいいんじゃない。

Mass解析用のSypro Ruby染色後のバンド切り出し 削除/引用
No.1318-1 - 2013/01/09 (水) 02:41:34 - マス夫
IP精製して、結合タンパク質の同定を行っております。
silver染色によるMass解析ではいまいちだったので、解析室の方にSypro Ruby染色による切り出しを勧められました。クマシーが一番ですが、量的に難しいです。
Sypro Ruby染色で切り出す場合は、UVではなくBlue laserを使用しないといけないのですが、Blue laserでゲルを観察できるのがtyphoon FLA7000という機械しかもってません。これはスキャナーなので、Blue laserを当てながら切り出せるのか疑問です。
このようなスキャナー型で目的のゲルバンドを切り出せる方法はございますでしょうか？

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