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タンパクの半減期 トピック削除
No.1380-TOPIC - 2013/01/25 (金) 17:32:31 - おお
このての質問が上がっていましたので、便乗して、、、
蛋白の半減期を見る一番直接的な方法はメチオニンラベルによるパルスチェイスだというのが昔からの認識であったかとおもいます。しかしながらRIの使用はだんだん厳しくなり、高価になってきています。RIがつかえないなどの状況でこれを克服するような方法論について、最近の新しい技術的なものでカバーできるものがないかとか、論文でこういうのを見たとか、実際にどういう方法論をとってパブリケーションに対応したとかいう話があればご教授ください。
 
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No.1380-11 - 2013/01/31 (木) 08:50:53 - おお
みなさんありがとうございました。ちょっとまだ一つづつ見ていけていません。気が付いたことがあればまたコメントいたします。

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No.1380-10 - 2013/01/28 (月) 18:28:08 - ふぃっくす
SUnSET法についてはさらなる検討が必要、というletterも出ていて、
http://www.pnas.org/content/109/17/E989.short
これに対する反論もでてますが、Puromycin抗体に依存するので、危うさはありそうです。安定同位体を使うSILACはデータの信憑性は高いと思いますが、Pulse-chaseのように、たくさんのポイントを、というのは、よほど恵まれた環境にないと難しそうです。結局、発現系以外では、RIを使うのが一番ということでしょうか。

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No.1380-9 - 2013/01/27 (日) 22:33:24 - ossi
http://www.nature.com/nature/journal/v473/n7347/abs/nature10098.html
でも使われているSILACは安定同位体を使うのでRI freeのようです。
キットも出ているようですが、解析諸々込でお幾らなんでしょうね…
http://www.thermoscientific.jp/bid/pierce/ms-interaction/sample-prep/silac-kit-reagent.html

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No.1380-8 - 2013/01/27 (日) 21:46:59 - kY
海外ではRIラベルが気楽に使えるのに、日本だとなんだか使いにくい雰囲気がありますよね。簡素で実験としては楽なんですけどね。
puromycinと組み合わせたsurface sensing of translation (SUnSET)という非RIのタンパク質ラベル方法が2009年に発表されて、それなりにその後も使用した報告があるので、非RIでタンパク質合成を見たい場合にはトライしてみてもよいのではないでしょうか。
あっ、すいません、これは合成の検出で、分解は対応できていないのかな。

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No.1380-7 - 2013/01/27 (日) 20:48:15 - 少数報告
私も興味あるのですが、HaloTag labelingというのを見つけました。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19718513
Pulse-chase experiment for the analysis of protein stability in cultured mammalian cells by covalent fluorescent labeling of fusion proteins.

タグ付きでの発現の問題はDNA量を調節することで、ある程度コントロール可能かと思います。上の論文では、一部、GFPタグと変わらないか(??)と思います。

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No.1380-6 - 2013/01/27 (日) 11:19:29 - おお
あまり具体的なことは考えていません。でも、パルスチェイスをするべきだという主張はそう言うところからきているのだろうとそうぞうしています。

しいて言うならポジティブフィードばっくやネガティブフィードバックがかかるのなら(もちろんchxで処理していますので蛋白レベルになりますが)、止めたときと、通常の増殖している状態での半減期はちがうだろうなとおもったりします。

どなたか詳しい人のコメントがつけばいいのですが、、、

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No.1380-5 - 2013/01/27 (日) 11:00:17 - TK-1
>[Re:4] おおさんは書きました :
> 強制的に発現を止めるわけですから、ホメオスタティックな制御が動くだろうという想像はできますから。
具体的に”ホメオスタティックな制御”とはどういうものをお考えですか?

(無題) 削除/引用
No.1380-4 - 2013/01/27 (日) 04:23:34 - おお
>[Re:3] ふぃっくすさんは書きました :
> 確かにCHXでされてる論文も多く見ますが、加えた時点ですべての蛋白合成が止まるので、細胞周期だけでなく、諸々のプロセスが変化するはずで、それでいいのか、というのは論文審査でもしばしば指摘されます。

> RIでもタグなどをつけた発現系を使うのでなければ、同位体ラベル>マスしかないんじゃないですかね。確か、核孔蛋白が異常に長い寿命を持つことが証明されたのも、その方法だったような。

マスの系は見たことがありませんでした。定量が難しくうまくできたんだろうかとおもったり。。。タグなしであれば特異的抗体のIPがポピュラーじゃないでしょうか。特別なものであれば精製した時のプロファイルからシグナルの強さをみるというのはあるかもしれません。NADなどにつくたんぱくならそのあフィニティで精製して、イオン交換HPCLでそのタンパクがくるいちの放射活性とか見るという感じで


>[Re:2] TK-1さんは書きました :
> 半減期が比較的短いものであれば、CHXを加えてタイムコースを取ってウェスタンで何時間で半分になるか、あるいは検出できなくなるかで結論つけれないもんでしょうか?methionine labelの場合、radioactivityの問題もあるし、IPをできる抗体がないとできない。タグ付きでやると(誰かの質問にありましたが)はじめに発現させすぎると分解系が追いつかなくなって、どこまで本当のことを見ているのかわからない。もちろんCHXを加えるとcell cycleも通常の状態と同じという訳にもいきませんからcell cycle-dependentの蛋白なんかはartifactがでるのかもしれませんが、over-expressionよりは現実に近い気がする。

おそらくご存じと思いますが、CHXで数字が出た場合それでどの程度よしと思うのかだとおもいます。強制的に発現を止めるわけですから、ホメオスタティックな制御が動くだろうという想像はできますから。

RIの問題の指摘ありがとうございました。過剰発現はいろいろと問題がありますね。

細胞周期依存性のタンパクは難しいもしれませんね。そもそも細胞の周期がそろってないうえ、フェイズによって半減期が変わるとするならばCHXにしてもRIにしてもフェイズをそろえないといけないわけで、、、それだとフェイズをそろえてライセーとで分解活性を見た方が(確かにそれはそれで系の保障がないわけですが)。。。

(無題) 削除/引用
No.1380-3 - 2013/01/26 (土) 11:50:22 - ふぃっくす
確かにCHXでされてる論文も多く見ますが、加えた時点ですべての蛋白合成が止まるので、細胞周期だけでなく、諸々のプロセスが変化するはずで、それでいいのか、というのは論文審査でもしばしば指摘されます。RIでもタグなどをつけた発現系を使うのでなければ、同位体ラベル>マスしかないんじゃないですかね。確か、核孔蛋白が異常に長い寿命を持つことが証明されたのも、その方法だったような。

(無題) 削除/引用
No.1380-2 - 2013/01/25 (金) 22:34:24 - TK-1
半減期が比較的短いものであれば、CHXを加えてタイムコースを取ってウェスタンで何時間で半分になるか、あるいは検出できなくなるかで結論つけれないもんでしょうか?methionine labelの場合、radioactivityの問題もあるし、IPをできる抗体がないとできない。タグ付きでやると(誰かの質問にありましたが)はじめに発現させすぎると分解系が追いつかなくなって、どこまで本当のことを見ているのかわからない。もちろんCHXを加えるとcell cycleも通常の状態と同じという訳にもいきませんからcell cycle-dependentの蛋白なんかはartifactがでるのかもしれませんが、over-expressionよりは現実に近い気がする。

タンパクの半減期 削除/引用
No.1380-1 - 2013/01/25 (金) 17:32:31 - おお
このての質問が上がっていましたので、便乗して、、、
蛋白の半減期を見る一番直接的な方法はメチオニンラベルによるパルスチェイスだというのが昔からの認識であったかとおもいます。しかしながらRIの使用はだんだん厳しくなり、高価になってきています。RIがつかえないなどの状況でこれを克服するような方法論について、最近の新しい技術的なものでカバーできるものがないかとか、論文でこういうのを見たとか、実際にどういう方法論をとってパブリケーションに対応したとかいう話があればご教授ください。

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