Bio Technical フォーラム

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大量データのmultiple alignment トピック削除
No.1387-TOPIC - 2013/01/29 (火) 08:37:26 - あかね
長さの異なる配列のmultiple alignmentの方法(ソフト、サイト等)を教えてください。
ゲノムのタンデムリピート配列(130 bp程度)のsequenceデータ(fasta format)が手元に大量にあります。配列、および長さにはバラツキがあります。例をあげると以下のような配列データが、5000程あります。
>A0001
ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCAAAGTG

>A0002
ATGACGTAGTGATGACAGTCATAGTCAAAGTG

>A0003
ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCTTAGTG

>A0004
ATATGACGTTGTGATGACAGTGGCATAGTCAAAGTGCAGT

これらをもとに、配列間で相同性の高い配列(consensus配列)を導きだしたいと思っています。少数の配列をもとにalignmentするだけなら、ClustalW等でうまく行くのですが、大量の配列だとどうもworkしません。大量データでmultiple alignmentがおこなえるソフト、サイト等を教えてください。
よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.1387-3 - 2013/01/31 (木) 09:35:11 - qq
質問にはお答えできませんが、5000件のfastaファイルの中のどこかに、変なコードが紛れている可能性はないのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1387-2 - 2013/01/29 (火) 09:04:20 - KEN
自分は、大量データの場合、CLC main workbenchでやってしまうことが多いので、5000件をClustalW2ではやったことがないので、どのような状況が発生したのかが分かりませんが、何かエラーメッセージが出たのでしょうか?
もしくは、PCが固まったのでしょうか?

少量でうまく行ったとは何検体程度でしょうか?

結構、ClustalWにしてもCLCにしてもアライメントは結構、時間がかかりますけど。。。

大量データのmultiple alignment 削除/引用
No.1387-1 - 2013/01/29 (火) 08:37:26 - あかね
長さの異なる配列のmultiple alignmentの方法(ソフト、サイト等)を教えてください。
ゲノムのタンデムリピート配列(130 bp程度)のsequenceデータ(fasta format)が手元に大量にあります。配列、および長さにはバラツキがあります。例をあげると以下のような配列データが、5000程あります。
>A0001
ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCAAAGTG

>A0002
ATGACGTAGTGATGACAGTCATAGTCAAAGTG

>A0003
ATGACGTAGTGATGACAGTGACATAGTCTTAGTG

>A0004
ATATGACGTTGTGATGACAGTGGCATAGTCAAAGTGCAGT

これらをもとに、配列間で相同性の高い配列(consensus配列)を導きだしたいと思っています。少数の配列をもとにalignmentするだけなら、ClustalW等でうまく行くのですが、大量の配列だとどうもworkしません。大量データでmultiple alignmentがおこなえるソフト、サイト等を教えてください。
よろしくお願い致します。

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