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ありがとうございます。 削除/引用 No.1437-5 - 2013/02/12 (火) 03:07:04 - いぬねこ み様、ありがとうございます。 だいたいのイメージがつかめてきました。 たしかに、論文を読んでいてもqPCRはかけていますね。 とりあえず外注する前にChIPの質を確認するところから始めたいと思います。 本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1437-4 - 2013/02/11 (月) 20:11:28 - み そもそもChIP on ChipとChIP-qPCRは目的が違うのでは？ 標的遺伝子が既知ならqPCRで検討できるけど、未知ならChipかSequencingしないと候補が挙がらない。 既に幾つかの遺伝子が良い感じで動いているならそれがポジコンになるので、同じ沈降DNAをChipに貼り付けるのはアリじゃないですか。 他の制御遺伝子候補を網羅的解析で同定できるかもですね。 あくまで候補でしかないのでqPCRでvalidationは必要になりますよ。

み様ありがとうございます。 削除/引用 No.1437-3 - 2013/02/11 (月) 19:37:52 - いぬねこ ご回答ありがとうございます。 おっしゃる通り、ChIP-qPCRのことです。すみません。 ChIPの難易度は、やはり、ChIP-qPCRよりChIP on ChIPの方が高いものを要求されるのでしょうか？ いくつかのprimer setsでqPCRでは二群間できちんと差が出ているだけで、そのDNAをプローブ化してChIP on ChIPにだしてみよう、ということはできますでしょうか？ よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.1437-2 - 2013/02/11 (月) 14:33:27 - み あなたがおっしゃる普通のChIPとは何ですか？ ChIPはクロスリンクさせた細胞の抽出物を抗体で落とすだけですよね。 ChIP-PCRのことを指しておられるなら沈降物をtemplateにしてqPCRかけるだけですよね。 一方、ChIP on Chipは沈降物をプローブ化してアレイにハイブリダイズさせてシグナルを検出する過程が加わります。positive signalをゲノム領域と対応させてデータ解析する段階が煩雑だと思います。 プローブ化は2日くらいでできるでしょう。プローブ作製試薬の説明書を読んで下さい。 ハイブリダイズはO/N シグナル検出は半日 データをゲノム領域と対応させるのは専用のソフトで行うのでしょうが、トレーニングを受けるなり、アレイ操作からまとめて外注するなりしないといけないでしょう。

ChIP on ChIP 削除/引用 No.1437-1 - 2013/02/10 (日) 18:12:24 - いぬねこ 普通のChIPをする手間と、ChIP on ChIPを外注する手間ではどれくらい違うのでしょうか？ 業者のHPなどを読んでも見当がつきません。 よろしくお願い致します。

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