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他社製PCRプレートでも問題が無い? トピック削除
No.1438-TOPIC - 2013/02/10 (日) 23:10:56 - ばったもの
お世話になります。

当方、リアルタイムPCRにはABIのStepone (48wellでlow profileの100ul)、通常のPCRにはABIのVerti (98wellで200ul)を用いています。

以前にABI社以外の会社のプレートのサンプルを用いてリアルタイムPCRをしたときに、増幅カーブがガタガタで信頼できないと判断して、それ以後、純正品を用いています。他社製を用いるとABI社の話でも故障が増えるという話でした。

でも通常のPCRでは、他社製品のシングルチューブで問題が無いように感じられます。これまで96ウェルプレートとしては、ABI純正品を使っていましたが、コストが嵩むので、他社製に乗り換えたいと考えています。皆様の経験では問題が無いでしょうか?

具体的な購入候補としては、最近の別スレで話がでていて変形しない事が宣伝文句になっている、現在はキャンペーン価格の、日本ジェネティクスの4TiFrameStar(4ti-0770C)が気になっています。

http://www.n-genetics.com/product_detail.html?item_id=3885
 
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(無題) 削除/引用
No.1438-11 - 2013/02/22 (金) 23:29:44 - KEN
当方は、4検体を超える場合は、8連チューブを半分に切って使うので、シングルチューブは消費が少なく、予備実験や各種酵素処理のインキュベート用くらいにしか使っていませんが、ブロックの穴から浮いた感じのスカスカするという経験はないですね。
一度、蓋をしめて、もう一度蓋をあけてMicroAmp 96-well trayごとチューブを取り出す場合も、スカスカする感触でしょうか?

むしろ、私は、MicroAmp 96well trayを使い忘れると、ヒートブロックの穴からチューブが抜きづらくなって、悪戦苦闘することが多いですが。(笑

おそらく多少の隙間は、PCRの初期のサイクルでチューブが膨らんで、密着するような気はしますけど、業者に聞いたほうが良いかと思います。(ロットが悪いだけかもしれません。(私は、ロットが悪く、今まで買っていた同じ製品なのに蒸発が頻発して交換してもらった経験があります))

TAKARAの宣伝は、(94℃、30秒/65℃、10分を30サイクルなので変形、蒸発が起きたのかな?)ちょっと極端な気もしますが、チューブへのDNA吸着等々様々なPCRを阻害してしまう要因はあると思いますので、大量購入する前にはサンプル品で、色々、試してみる方が良いかと思います。

(無題) 削除/引用
No.1438-10 - 2013/02/22 (金) 13:50:38 - q
タカラバイオのウェブには次のような情報が

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/tech_info_detail2.asp?unitid=U100003568&masterid=M100002333

(無題) 削除/引用
No.1438-9 - 2013/02/22 (金) 08:11:44 - ばったもの
KENさん

御意見をありがとうございます。

言葉たらずですみません。マイクロプレートについては、各社のウェブをよくみると互換性がでています(Vertiについては無い会社もありますが)。

しかしシングルチューブではこのような互換性の情報が無いというというのが実情です。

そして、次のような事をABIのサポートは言っていました。すなわち、チューブとMicroAmp 96-well trayを組み合わせた高さや形状などが不適切であると、Vertiの蓋側が長い間使っていると破損するのではないかという事、ヒートブロックとチューブの接触具合に問題が生じる可能性や、ヒートブロック内部の気相を一定にするというMicroAmp 96-well trayの効果が損なわれる可能性です。

このような事から、皆様の御経験をうかがいたいのです。

なお当方が入手した他社製品は、MicroAmp 96-well trayに差し込む事ができますが、差した状態でヒートブロックに載せると、ヒートブロックとチューブの接触が、”すかすか”な感じがします。そして改めて、他社製品とABIのシングルチューブwith capの写真同士を見比べると、なんとなくABIのシングルチューブwith capの方が胴長に見えます。

(無題) 削除/引用
No.1438-8 - 2013/02/22 (金) 01:26:23 - KEN
ちなみに、9700ではMicroAmp 96-well trayは、プレートや8連チューブで使う時は使ったり、使わなかったりです。(シングルチューブに比べてプレートはそこまで歪まないことが多いので。。。)

シングルチューブの時は、変形するので必ず使っていますが。。。(その他、私が使っている3社4機種でも同様の使い方をしています。)

サンプルをもらって、両方試してみれば良いのではないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1438-7 - 2013/02/22 (金) 01:23:50 - KEN
>ばったものさん

私は、LifetechnologiesのVertiは使用していないので、回答することが適切ではないかもしれませんが、サーマルサイクラーのチューブにそこまで神経質にならなくても良いのでは?
カタログの対応表を見て、適切なチューブを選び、サンプルをもらって、水を10ulずつ96wellに入れてstandard 3step PCR, 45 cycle, extension 1min条件で試してみて蒸発したらやめれば良いというくらい気楽に考えて、ある程度の知名度のあるメーカーのキャンペーン中の安いものを買えば良いかと私は思います。

現在使っているプレートは、イナオプティカとサモフィッシャーのものを利用しています。
サンプル量が少ない時、ハサミで切って使えるように、自分はスカートなしのプレートを購入することが多いです。(丈夫なのは、ハーフスカートとかですが。。。)
対応は、イナオプティカならば、http://www.bio-bik.co.jp/compatibility.htmlで確認できますし、他社でも同様の対応表を見れば良いかと思います。

メーカーに電話すれば、サンプルを無料で提供してもらえますし、仮に対応するものを買って蒸発した等が発生した場合は、返金してもらえます。(過去に、大量発注した後で、サンプルが蒸発することに気づいたことがサーモフィッシャーで起きたことがありますが、先方が対応してくれて事なきを得ました。)

(無題) 削除/引用
No.1438-6 - 2013/02/21 (木) 18:43:31 - ばったもの
もう一度、質問を御願いします。

当方では、PCR装置としてABI社のVerti(200ul)を使っています。これまで、PCR用のチューブやマイクロプレートとしてはABI純正品を使っていました。しかし今後は他社製にしようと考えています。

そのため参考にしたいので、Verti(200ul)をお使いの方で、他社製のチューブやマイクロプレートを問題なく使えている方は、その商品の会社名と品番を教えてください。

それから、他社製チューブをつかう際には、ABI純正品と同様に、黒い板(MicroAmp 96-well tray、詳細は次の頁の図)を使用するのでしょうか?それとも使用しない方が良いのでしょうか?

キャップ付きチューブを使用する場合
http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/product/modelpage.jsp?MODELCD=22773&MODELPGCD=23309

本日、ある会社の商品を入手して使用をしようとした際に、MicroAmp 96-well trayを使った方が良いのか、使わない方が良いのか判らなくなりました。その会社とABIの両方に電話をして聞こうとしましたが、どちらの会社も回答をできないという結果でした。

以上、よろしく御願いします。

(無題) 削除/引用
No.1438-5 - 2013/02/11 (月) 04:21:23 - KEN
通常のPCRには純正品は使いませんね。Thermoの販売中止品を安く大量に仕入れて使っています。(定量するわけでもないので、歪みさえせず、増えればなんでもいいやー。という感覚です)

オイルは、TAKARAのPJ-2000あたりはオイルをブロックに入れたりしますが、ABI 9700から以降の機種は他社を含めオイルは一切使っていません。

リアルタイムPCRに関しては、Roche LC 480とABI 7900HTを用いていますが、どちらでもオイルは使ったことありません。(逆に、入れるとキャリブレーションからずれてしまい、まずい気が。。。)

>以前にABI社以外の会社のプレートのサンプルを用いてリアルタイムPCRをしたときに、増幅カーブがガタガタで信頼できない
用いたプレートおよびシールはリアルタイム用と明記されているものでしょうか?
プレートはウェルに吸収される蛍光を少なく、逆にシールは透過性が良いものでないと正確な測定が行えません。
また、ABIの純正品を使っていてもサンプルの状況により波形がガタガタすることはあります。

(無題) 削除/引用
No.1438-4 - 2013/02/11 (月) 00:38:35 - おお
http://www.thermoscientificbio.com/pcr-qpcr-and-reverse-transcription/plastic-consumables
噂なので‘確認’できればその方がいいのですが、ABgeneがABIのプラスティックプロダクトを請け負っていて同じものをその会社でも売っていると聞いたことがあります。

(無題) 削除/引用
No.1438-3 - 2013/02/10 (日) 23:20:33 - ばったもの
それから、昔は、熱伝導性を良くするためにミネラルオイルをブロック穴に入れていました。ですが納品時に、純正品であればミネラルオイルを使う必要は無いとABIの社員に言われて、使っていません。もしかして他社製品を使う場合にはミネラルオイルをブロック穴に入れた方が良いでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.1438-2 - 2013/02/10 (日) 23:13:26 - ばったもの
タイプミスしていました。Verti は96wellです。

他社製PCRプレートでも問題が無い? 削除/引用
No.1438-1 - 2013/02/10 (日) 23:10:56 - ばったもの
お世話になります。

当方、リアルタイムPCRにはABIのStepone (48wellでlow profileの100ul)、通常のPCRにはABIのVerti (98wellで200ul)を用いています。

以前にABI社以外の会社のプレートのサンプルを用いてリアルタイムPCRをしたときに、増幅カーブがガタガタで信頼できないと判断して、それ以後、純正品を用いています。他社製を用いるとABI社の話でも故障が増えるという話でした。

でも通常のPCRでは、他社製品のシングルチューブで問題が無いように感じられます。これまで96ウェルプレートとしては、ABI純正品を使っていましたが、コストが嵩むので、他社製に乗り換えたいと考えています。皆様の経験では問題が無いでしょうか?

具体的な購入候補としては、最近の別スレで話がでていて変形しない事が宣伝文句になっている、現在はキャンペーン価格の、日本ジェネティクスの4TiFrameStar(4ti-0770C)が気になっています。

http://www.n-genetics.com/product_detail.html?item_id=3885

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