Bio Technical フォーラム

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マウスノックアウト後の遺伝子産物 トピック削除
No.1448-TOPIC - 2013/02/14 (木) 09:23:20 - え
マウスで中間エクソンの1つを除くノックアウトを作りました。仮に前後のエクソンが連結した場合翻訳のフレームはずれるコンストラクトで(3の倍数ではない)、スプライシングバリアントも報告されていません。

ところがC末端に対する抗体でウエスタンをすると、サイズが少し小さくなったバンドがWTとほぼ同じ強度で検出されます。cDNA上でそのエクソンだけを削ったものとよく一致するのですが、ずれてスプライシングしてしまうことはあるのでしょうか。それとも新しいATGから翻訳されていると考えるのでしょうか。
 
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No.1448-4 - 2013/02/14 (木) 18:14:00 - え
ありがとうございます。cDNAを呼んでみます。

(無題) 削除/引用
No.1448-3 - 2013/02/14 (木) 15:23:07 - aji
新しいATGから翻訳された場合、というのはフレームがずれているならWTではC末の異なるタンパク質を与えるか、早めにSTOPが入ってるということになる訳ですから、仮にそのような翻訳が始まっていても今の抗体では検出できないですよね。

そんなことが起きるかは、何とも言えませんが、cDNAの配列読むのが一番すっきりすると思います。

(無題) 削除/引用
No.1448-2 - 2013/02/14 (木) 15:12:05 - おお
抜いたエクソンのところにネオマイシンとか入っているならポリAをスキップして後ろのエクソンにつながってるかもしれませんね。抜いたエクソンより上流の配列を認識する抗体があればなにか情報がえられるかもしれません。フレームがずれるなら、クリップティックなスプライシングがおきないとそう言うのは見れないのでどうでしょうか、、、
マイナーなスプライシングサイトがあって、それはフレームがずれるなどの理由で、NMDによって消化されていて、普段は発現していないようにみえるRNAもあるにはありますけど。。。

違うフレームの蛋白がこーどされていたらそれはおもしろいですけど。。。

マウスノックアウト後の遺伝子産物 削除/引用
No.1448-1 - 2013/02/14 (木) 09:23:20 - え
マウスで中間エクソンの1つを除くノックアウトを作りました。仮に前後のエクソンが連結した場合翻訳のフレームはずれるコンストラクトで(3の倍数ではない)、スプライシングバリアントも報告されていません。

ところがC末端に対する抗体でウエスタンをすると、サイズが少し小さくなったバンドがWTとほぼ同じ強度で検出されます。cDNA上でそのエクソンだけを削ったものとよく一致するのですが、ずれてスプライシングしてしまうことはあるのでしょうか。それとも新しいATGから翻訳されていると考えるのでしょうか。

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