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閉め後ですが。 削除/引用 No.1585-10 - 2013/03/27 (水) 14:43:28 - さっちょん まぁ確かにそうですね； オートクレーブだけじゃ＾＾； というわけで、 同じく私もリサイクル様ほど強くではありませんが、 大丈夫なのかしら？ということは聞いたのですが、 まぁ、今のところこの方法で問題ないので大丈夫 という返答でございました。 コンストラクションなんかを行う場合は、 ラボのみなさん、キャップ付tubeか、 連続チューブと別売りキャップで使い分けされていましたし 慣例のようなものでしょうか。 ジェノタイピングも、 タイピング結果が非常に重要なサンプルに限っては、 尻尾からのゲノム抽出(普段は血液からの簡易検査)、 キャップ付きチューブという使い分けもありましたし ケースバイケースでしたね。 私も今のラボでの慣例に？という部分がありますが、 新参者＆下っ端ですので 大きな問題が起こっていない今 アクション起こせずにおりますよ リサイクル様、 ラボの慣例を新参者が変えていくのは 非常に骨が折れますが、 人間関係の維持もスムーズな作業には欠かせませんし、 大変かと思いますがおっしゃる通り、 角の立たないようすすめてくださいませ。 実験がうまくいきます様に。 。

(無題) 削除/引用 No.1585-9 - 2013/03/27 (水) 12:35:48 - リサイクル おお様 私はAbstractしか読めませんでしたし、テーマはDNAのコンタミとは少しずれますが J Environ Sci Health A Tox Hazard Subst Environ Eng. 2012;47(13):1975-83. を見る限り、長時間沸騰やオートクレーブをしても200bp程度のDNA断片は残ってしまうようです。 初期DNA量と検出感度に依存するとは思いますが、オートクレーブはある程度DNAを断片化できる程度で、除去は少し難しいかもしれません。 さっちょん様 今いるラボは水洗いと乾燥機（５０℃くらい）しかしておりませんでしたが、一定量の精製DNAを用いた場合にPCRの結果に異常は全く検出されませんでした。ここまでは、さっちょん様と同じです。 しかしDirect PCRに移行した実験でのみ、非常に低い割合で予想外（というよりは、ほぼあり得ない）結果が出るようになりました。サンプルDNA量が下がったため感度を上げるためサイクル数を増やし、検出限界以下のコンタミが検出されるようになったのだと思います。 ただ、PCRをやり直すと正常な結果が出るのと、コンタミかもしれない結果が出る確率は異常が出やすい実験で0.5%程度、全体の実験だと１万分の１以下なので、コンタミを再現するのは難しいです。 さっちょん様のように、今まで問題が起きなかったから大丈夫と思う人は、私が会った研究者のなかでも多数派で、特に年を取った偉い人に多く見られる傾向です。説得しても、恨まれる事が多く、つらい目にも会いました。今のラボでも異常は皆知っていますが、確率が低いのでやり直せばいいという事になっています。 私は新入りなので、ラボの常識はよくわからず、直面している問題に関し。あれこれ提案した結果、嫌われつつあります。皆さん１０年以上おられる方ばかりなので、私は明らかに異物なのでしょう。現在の状況でコンタミとは言いづらいのですが、同様の結果が出た方がいれば背中を押す力になると思い、お聞きした次第です。次亜塩素酸→水洗い→塩酸→水洗いという手法も紹介されましたので、タイミングを見計らい、角が立たぬよう気をつけて提言してみようと思います。 どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.1585-8 - 2013/03/27 (水) 10:33:39 - おお あーこんなこといては何ですがオートクレーブはあまり効果ないですよねDNA壊すという意味では、、、

オートクレーブしていました 削除/引用 No.1585-7 - 2013/03/27 (水) 10:19:44 - さっちょん マウスのジェノタイピングという、 PCR精度のレベルからいうと、 比較的低め？な実験での使用経験ですが、ありますよ。 結構適当で、 使用後、ミリQ水でシャ〜っと洗浄して、 アルミにくるんでオートクレーブでした。 プライマーの汚染によって実験結果がおかしくなったことは ありますが、 シリコンカバーによる汚染が原因とおもわれるような 異常な事態に陥ったことは、ありませんでした。 参考までに。

(無題) 削除/引用 No.1585-6 - 2013/03/27 (水) 09:56:13 - リサイクル おお様、通りすがり様 お教えいただきありがとうございます。 おお様 私は塩酸を免染でのDNA切断に使いました。DNA断片化に効果的な試薬と思います。 通りすがり様 私はシールが好きですが、マットが好きな人が多いラボなので....。マットにも蒸発の問題はありますが、コンプレションマットを厚くしたようなもので、PCR装置の蓋とPCRマットの圧着を強化して補っているようです。

(無題) 削除/引用 No.1585-5 - 2013/03/27 (水) 08:33:12 - 通りすがり pcrプレート用シールを使わない理由はありますか？ コスト的には60円/枚で、うちでは10ulのpcr系がワークしています。たまに一部のウェルの液量が減っているのでキャップと比べると信頼性が劣る印象です。リアルタイムPCR用のコンプレッションマットを使用しています。

(無題) 削除/引用 No.1585-4 - 2013/03/27 (水) 02:32:15 - おお >[Re:3] リサイクルさんは書きました : > おお様 > > お教えいただき、ありがとうございます。 > > 次亜塩素酸で調べると > > http://www.lib.kobe-u.ac.jp/repository/80070153.pdf > > という紀要を見つけました。トリスで次亜塩素酸のDNA分解がとまるようですので > 水でよくすすいだ後でも残留した微量の次亜塩素酸でDNAが分解するのが怖い時は、 > 可能な範囲でトリス濃度を上げればより安全なのかもしれませんね。 > > 昔CATALYSTという固定されたPCR plateを次亜塩素酸で洗って何度も使う機器がありました。 > 次亜塩素酸の後、トリスですすいでいたような気もしますが、古くて記憶が定かでありません。 次亜塩素酸自身はそんなに安定な物質ではないと思いますし、よく洗った状態で乾燥させれば大丈夫な気がします。 トリスを使うのはまあ自由ですけど、もし不活性かがひつようなら次亜塩素酸の分解過程がクリアーな方がいいと思います。お示しの文献電気えいどうとA260吸収でモニターしてますが、本当に何の修飾も起きてないか分からないですし、、、 次亜塩素酸処理後よく洗った状態なら0.1Nくらいの塩酸につければ(もっと薄くてもいいと思います)万が一微量の残留があっても分解されるでしょう。よく洗ってからなら塩素が部屋に充満して害を及ぼすことはないとおもいます。次亜塩素酸の洗いのていどがよく分からないのであればケミカルフードで塩酸処理すれば、気持ち的にあんしんできます。 http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%AC%A1%E4%BA%9C%E5%A1%A9%E7%B4%A0%E9%85%B8%E3%83%8A%E3%83%88%E3%83%AA%E3%82%A6%E3%83%A0

(無題) 削除/引用 No.1585-3 - 2013/03/26 (火) 21:11:26 - リサイクル おお様 お教えいただき、ありがとうございます。 次亜塩素酸で調べると http://www.lib.kobe-u.ac.jp/repository/80070153.pdf という紀要を見つけました。トリスで次亜塩素酸のDNA分解がとまるようですので 水でよくすすいだ後でも残留した微量の次亜塩素酸でDNAが分解するのが怖い時は、 可能な範囲でトリス濃度を上げればより安全なのかもしれませんね。 昔CATALYSTという固定されたPCR plateを次亜塩素酸で洗って何度も使う機器がありました。 次亜塩素酸の後、トリスですすいでいたような気もしますが、古くて記憶が定かでありません。

(無題) 削除/引用 No.1585-2 - 2013/03/26 (火) 19:23:05 - おお 実際に使っているわけではないのですが、アイデアとして1N塩酸につけると脱ピリミジンが起こるのでかなり不活かできるかと。 あとはハイター(次亜塩素酸)でしょうかね。塩酸と混ぜないでくださいね、

PCRマットの再利用 削除/引用 No.1585-1 - 2013/03/26 (火) 16:58:45 - リサイクル いつもお世話になっております シリコン様のゴムで出来たPCR plateのカバー（マット、シールやキャップの代わりにかぶせ、再利用する）をお使いの方。又は使っていた方にお聞きします。 どのような洗浄、再生方法をお使いでしたか？ またカバーについたPCR産物の残中によるコンタミを起こした事はありますか？ コンタミにあった方はどのような方法で解決しましたか？ お手数をおかけして申し訳ありませんが、よろしくお教えください。

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