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(無題) 削除/引用 No.1628-8 - 2013/04/12 (金) 09:15:49 - ~ >[Re:7] ngsさんは書きました : > PacBio これすごいですね。 このような一分子シークエンシングは原子間力顕微鏡の領域と思っていました。

(無題) 削除/引用 No.1628-7 - 2013/04/11 (木) 22:10:19 - ngs PacBio

(無題) 削除/引用 No.1628-6 - 2013/04/11 (木) 13:50:15 - ~ Fokのような少し離れたところを切る制限酵素の認識サイトを持つベクターにクローニングして、少しずつ削り取っていく？ 両側から18bp削っていくと、70回のサブクローニングで1260bp削れるので、800bp読めれば届くかもしれません。 その間、1回でもデリーションが起きたら終わりですが。 繰り返し配列中に違う配列があることを期待して、 PCR産物をラボ内にある制限酵素で片っ端から処理して切れる酵素が見つかれば、 話がだいぶ変わってきますね。

(無題) 削除/引用 No.1628-5 - 2013/04/11 (木) 13:22:48 - AP 思いつくまま、 ・昔killo sequenceするのによくやった、ExoIIIを使ったsequential deletionでどうにかならないか、、、、 ・いっそMaxam-Gilbert法で ・PCRでしか取得できないって、PCRのartifactで反復数の増減が起こっているかも、

(無題) 削除/引用 No.1628-4 - 2013/04/11 (木) 12:52:29 - たこ かなり前の話ですが、同じような経験をしたことがあります。 100塩基弱の反復配列が数kbにわたってありました。 その時はEpicentreのKAN-2 insertion kitというのを使って配列を決定しました。 大雑把には、プラスミドの中でトランスポゾンを飛ばし、トランスポゾン中の配列をプライマーにしてそこからシーケンスする、というしくみです。 当方の反復配列はすべてが同じ、というわけではなかったのでつなげることができましたが、まったく同じ配列の反復なら難しいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1628-3 - 2013/04/11 (木) 11:47:34 - あ 反復配列だからどれくらい削れてるかわからないですね。。。

(無題) 削除/引用 No.1628-2 - 2013/04/11 (木) 11:41:54 - あ 2kbだと真ん中が少し読めないのでしょうか。 ロングリードの外注でなんとかならないかなと思いますが、一度プラスミドにクローニングすれば、末端から酵素で削って短くしたクローンを作れます。 http://www.nippongene.com/pdf/manual/man_Deletion_Kit_ver2_100819.pdf

2kbの反復配列のシーケンス方法 削除/引用 No.1628-1 - 2013/04/11 (木) 11:14:19 - 774 とある生物種ですが，PCRで2kb増やしてシーケンスしたところ， 45bpを一単位とした反復配列であることが分かりました． この2kbの断片のシーケンスをFWでもRVでも読んでみると， どこまでいっても反復配列…… ということでどうにかして全長を決定したいのですが， 何かいい案はありませんでしょうか． ゲノムDNAが超微量ですのでPCRで増幅させないとテンプレートDNAは用意できません．

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