Bio Technical フォーラム

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QIAquick Gel Extraction Kit for sequencing トピック削除
No.1645-TOPIC - 2013/04/17 (水) 00:55:56 - 小児科医師(ゆとり教育)
QIAquick Gel Extraction Kitでアガロースゲルより抽出したDNAのことで相談させて下さい。

プロトコールには、「for sequencing」として、残ったアガロースゲルや塩類を取り除くために、
Buffer QGによる洗浄の追加やBuffer PEによる洗浄の際に2−5分静置した方が良いと記載されています。

手元にそういった処理がされずにゲルより抽出されたDNAがあるのですが、sequencingの
サンプルとして使うことができるでしょうか。

やってみるよりしょうがないので、絶対にsequencingできないということでなければとりあえず
やってみようと思っているのですが、ご経験のある方がいましたらご教授いただけると幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.1645-4 - 2013/04/19 (金) 00:25:36 - 小児科医師(ゆとり教育)
シーケンスの結果が戻ってきたので報告させていただきます。

500塩基くらいまでは読めたのですが、それ以降はシグナルが弱くなって判読不能でした。PCR→EXO/SAPITにてシーケンスに出したサンプルでは1000塩基以上読めていたので、残留したゲルや塩類による影響が考えられました。

以上、ご報告まで。

(無題) 削除/引用
No.1645-3 - 2013/04/17 (水) 04:06:24 - 小児科医師(ゆとり教育)
>えさん

コメントありがとうございました。安心してシーケンスに出せます。

(無題) 削除/引用
No.1645-2 - 2013/04/17 (水) 02:06:15 - え
大丈夫だとおもいます。いつも静置せずすぐ遠心しています。
もしどうしても心配でしたら、そのDNAサンプルにをもう一度QIAquick Gel Extraction KitのQGを加えカラムを通し直したらいいと思います。

QIAquick Gel Extraction Kit for sequencing 削除/引用
No.1645-1 - 2013/04/17 (水) 00:55:56 - 小児科医師(ゆとり教育)
QIAquick Gel Extraction Kitでアガロースゲルより抽出したDNAのことで相談させて下さい。

プロトコールには、「for sequencing」として、残ったアガロースゲルや塩類を取り除くために、
Buffer QGによる洗浄の追加やBuffer PEによる洗浄の際に2−5分静置した方が良いと記載されています。

手元にそういった処理がされずにゲルより抽出されたDNAがあるのですが、sequencingの
サンプルとして使うことができるでしょうか。

やってみるよりしょうがないので、絶対にsequencingできないということでなければとりあえず
やってみようと思っているのですが、ご経験のある方がいましたらご教授いただけると幸いです。

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