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抗体のカノニカル構造について トピック削除
No.1653-TOPIC - 2013/04/18 (木) 16:11:41 - ~
いつも大変勉強にさせてもらっております。

現在、マウスモノクローナル抗体の配列と性質との関係性を探索しておりますが、いろいろと調べていくうちに、CDRの構造は極めて限局された構造、すなわちカノニカル構造をとることを知りました。

これまで、親和性(KD)と配列の関係性を幅広く調べてきましたが、何ら特徴的な知見が得られておりません。あとは、カノニカル構造と親和性の関係を調べたいのですが、その構造を推定できるデータベースやフリーのソフトウェアなどをご存じの方がいらっしゃいましたら是非ご教示ください。

 また、配列と抗体の性質の関係を知るためのよい解析方法なども併せてご教示いただけますと幸いです。

何卒よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1653-5 - 2013/04/19 (金) 09:28:55 - ~
ご情報、ご助言ありがとうございます。

まずは蛋白の基本構造を理解した上で、CDRのカノニカル構造を理解したいと思います。

(無題) 削除/引用
No.1653-4 - 2013/04/19 (金) 09:07:50 - おお
CDR 抗体 カノニカル構造でぐぐったらいっぱい引っかかるよ。情報はかなり出回っているのでは?

(無題) 削除/引用
No.1653-3 - 2013/04/19 (金) 00:30:44 - JIn
~さんの名前を借りて、ちょっとわけわかんない質問するのって流行ってるんですか?
なんか、当たらない科研費の申請書か、なんかの広告みたいな具体性のなさですが、
同一の方だとは思えません。

(無題) 削除/引用
No.1653-2 - 2013/04/18 (木) 19:54:14 - qq
あなたの論拠にする文献があるのだと思いますが、(大変失礼ではありますが)そこで言っていることや、タンパク構造の基礎はよく理解できているでしょうか?
あなたは具体的に何を研究したいと言っているのでしょうか?
>カノニカル構造と親和性の関係を調べたいのですが、
では、よく伝わりません。
もっと具体的に質問するのがよいかもしれません。
ソフトであれば、Jalviewやpymol、autodock、pyrxが役に立つかもしれませんが、in-silicoだけでは、厳しいと思います。
最後に、嗜好の問題かも知れませんが、「関係性」に違和感を覚え、嫌いです。

抗体のカノニカル構造について 削除/引用
No.1653-1 - 2013/04/18 (木) 16:11:41 - ~
いつも大変勉強にさせてもらっております。

現在、マウスモノクローナル抗体の配列と性質との関係性を探索しておりますが、いろいろと調べていくうちに、CDRの構造は極めて限局された構造、すなわちカノニカル構造をとることを知りました。

これまで、親和性(KD)と配列の関係性を幅広く調べてきましたが、何ら特徴的な知見が得られておりません。あとは、カノニカル構造と親和性の関係を調べたいのですが、その構造を推定できるデータベースやフリーのソフトウェアなどをご存じの方がいらっしゃいましたら是非ご教示ください。

 また、配列と抗体の性質の関係を知るためのよい解析方法なども併せてご教示いただけますと幸いです。

何卒よろしくお願いします。

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