Bio Technical フォーラム

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2nd Derivative Maximum 法 トピック削除
No.167-TOPIC - 2012/02/16 (木) 18:46:06 - jaco
ある遺伝子の発現量を調べるためにリアルタイムPCRを行ったのですが、2nd Derivative Maximum 法の計算方法に対応していない装置でした。
そこで、自分で増幅曲線を書き、2nd Derivative Maximum 法でCt値を求めたいと思いましたが、算出方法がよく分かりませんでした。
どなたか同じように自分でCt値を求められて方はおられませんか?よろしければ、算出方法を教えて頂きたいので、ご教授よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.167-4 - 2012/02/17 (金) 23:51:18 - さん
こことかで計算してくれないでしょうかねぇ?
http://www.ewindup.info/miner/version2/

もしくは手計算だと、ここみたいな感じ。
http://www.cem.msu.edu/~cem333/POTTITR.html
PCRのデータではないですが、雰囲気は出てるんじゃないでしょうか?
普通どのように計算されるのか知りませんが、平滑化のためにデータをフィルタリングして・・・フィッティングして・・・とかが必要なければ難しくない気もします。(まと外れかも)

(無題) 削除/引用
No.167-3 - 2012/02/17 (金) 02:06:06 - ンンノ
2次微分極大値を算出するには、シグナル曲線の立ち上がり部分が綺麗に
描けてないと厳しいです。
対応してない装置から出てくる曲線では、その方法で算出できないかも
しれませんね。

(無題) 削除/引用
No.167-2 - 2012/02/16 (木) 20:53:35 - 。。。
Crossing Point法によるCt値では、満足できないでしょうか?

2nd Derivative Maximum 法 削除/引用
No.167-1 - 2012/02/16 (木) 18:46:06 - jaco
ある遺伝子の発現量を調べるためにリアルタイムPCRを行ったのですが、2nd Derivative Maximum 法の計算方法に対応していない装置でした。
そこで、自分で増幅曲線を書き、2nd Derivative Maximum 法でCt値を求めたいと思いましたが、算出方法がよく分かりませんでした。
どなたか同じように自分でCt値を求められて方はおられませんか?よろしければ、算出方法を教えて頂きたいので、ご教授よろしくお願い致します。

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