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3 X FLAG peptide (Sigma) のstock solutionについて トピック削除
No.1683-TOPIC - 2013/04/25 (木) 16:55:17 - 初心者
3 X FLAG peptide (Sigma)のstock solution作成に関する質問です。
よろしくお願いします。

私は、Anti-FLAG抗体結合BeadsでIPしたFLAG結合タンパクをBeadsから溶出する際、3 X FLAG peptideを使用したいと考えています。

以前、初めてこのstock solutionを作る際、data sheetに従って、
3 X FLAG peptide(粉)を、TBS(50mM Tris-HCl, pH7.4, 150mM NaCl)に
、5mg/mLになるよう溶解しました。

すると、3 X FLAG peptideが析出してしまいました。

焦って同じ研究室の先輩方に聞いたところ、析出することは多々あるらしく、「stock solution作成の際にいったん析出してしまうと、FLAG結合タンパクのIP Beadsからの溶出効率が著しく下がるので、推奨使用濃度の3倍以上をBeadsに加えて使用している」ということでした。

このようなことは、本当にそんなによくあることなのでしょうか。
data sheetに書いてある濃度でstock solutionを作ると頻繁に析出してしまうというのは、かなり問題だと思います。

また3XFLAG peptideは高価なので、推奨の3倍濃度で使用すると、かなりのお金がかかります。

私としては、そもそも析出しない条件でstock solutionを作成する必要があるように思います。

皆様は、このような問題に悩まれた経験はおありでしょうか。

またその場合は、析出しないよう、Bufferや作成法など、何か工夫されていたりするのでしょうか。

近々、再度このstock solutionを作成する予定があるので、皆様の経験を教えていただけると助かります。どうぞ宜しくお願い致します。
 
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皆さま、どうもありがとうございました 解決済み 削除/引用
No.1683-8 - 2013/05/02 (木) 17:47:21 - 初心者
皆さま、たくさんのアドバイスをいただき、どうもありがとうございました。

昨日、自分でTBS buffer(pH7.4)を作り、データシートどおり、それに3X FLAG peptideを5mg/mLの濃度で溶かしてみたところ、無事に溶けました!

シグマにも問い合わせたところ、以下のような返答がきました(けっきょく電話ではなくメールで問い合わせました)。

> <社内データベースから抜粋致します。>
This peptide is, for the most part, water soluble. If the researcher finds that it is not sufficiently soluble at the stock concentration needed, one or more of the following suggestions may be tried:
1. Vortex.
2. Raise the pH to 8.0 by adding a little sodium hydroxide solution.
3. Add some detergent (Tween 20 to a final concentration of 0.05%).
Then, after the peptide is all or nearly all dissolved, dilute with water or buffer to the final concentration.

このシグマのデータベースを見ても、peptideを溶かすBufferのpHが重要そうなので、もしかして、うちのラボで使用しているTBSのpHが下がってしまっていて、peptideが析出してしまったのかもしれないと思います。先輩たちにも言ってみます。

皆さまの御蔭で、無事にstock solutionを作れるようになり、良かったです!
お忙しいなか、たくさんのアドバイスをいただき、本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1683-7 - 2013/04/29 (月) 23:58:43 - おお
余計なおせっかいかもしれませんが、組成も知らないバッファーを使っている時点であやういですよ。キットで中身が公開されていない場合は仕方ないですが。

(無題) 削除/引用
No.1683-6 - 2013/04/29 (月) 20:39:32 - 初心者
~さん、

アドバイスいただき、ありがとうございます。

そうですね、シグマの人なら、何か情報を持っているかもしれないですね。
明日、聞いてみるようにします。

アドバイスいただき、どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1683-5 - 2013/04/29 (月) 20:33:22 - ~
シグマに電話で聞いてみるのも手。

そんなことあるの?って

(無題) 削除/引用
No.1683-4 - 2013/04/29 (月) 20:25:06 - 初心者
独り言さん、APさん、アドバイスいただき、ありがとうございます。

お二人の御蔭で、3 X FLAG peptideを溶かしたTBSバッファーがおかしい可能性があることに気づくことができました。

独り言さんは、3 X FLAG peptideをデータシートの推奨濃度でTBSバッファーに溶かしているけれど析出しない、ということなので、私のラボで使用されたTBSバッファーがおかしい可能性がある気がします。

確かに、私のラボで3X FLAG peptideを溶かす際には、みな、一人のポスドクの人が作ったTBSを分けてもらって溶かしていました。今まで、そのTBSを疑ったことはありませんでしたが、そのTBSの組成が何か間違っているとか、pHが下がってしまっているとか、そういう可能性があるかもしれません。

そのポスドクの人の作ったTBSが正しいかどうかを確かめるのは角が立ちそうなので、とりあえず、自分でTBSを作り直して、それに溶かしてみます。

独り言さんは普通にうまくいっていると伺い、やはりうちのラボの状況がおかしいのだろうとわかり、少しすっきりしました。先輩方はそんなもんだと言っているけれど、何かおかしい気がしていました。うちのラボでもデータシート通りにきちんとstock solutionを作れるようにしたいと思います。

アドバイスいただき、どうもありがとうございました。大変勉強になりました。

(無題) 削除/引用
No.1683-3 - 2013/04/29 (月) 08:01:19 - AP
説明書に書いてあるとおりなら問題はないと思いますが、念のため、溶液を少量、pH試験しに垂らしてみたらどうでしょう。pHが等電点(pH 4くらい)付近まで下がってないでしょうか。だとしたら、tris 溶液を滴下するなどしてpHをあげると溶けるかも知れません。

(無題) 削除/引用
No.1683-2 - 2013/04/29 (月) 00:45:03 - 独り言
ウチのラボでは同じ濃度で溶かしているけど、そんなことないんだなぁ。

溶かす濃度かTBSバッファーが間違っていたりしてのかもなぁ。でも試薬のせいにするのは、研究者としてよくないんだなぁ。

3 X FLAG peptide (Sigma) のstock solutionについて 削除/引用
No.1683-1 - 2013/04/25 (木) 16:55:17 - 初心者
3 X FLAG peptide (Sigma)のstock solution作成に関する質問です。
よろしくお願いします。

私は、Anti-FLAG抗体結合BeadsでIPしたFLAG結合タンパクをBeadsから溶出する際、3 X FLAG peptideを使用したいと考えています。

以前、初めてこのstock solutionを作る際、data sheetに従って、
3 X FLAG peptide(粉)を、TBS(50mM Tris-HCl, pH7.4, 150mM NaCl)に
、5mg/mLになるよう溶解しました。

すると、3 X FLAG peptideが析出してしまいました。

焦って同じ研究室の先輩方に聞いたところ、析出することは多々あるらしく、「stock solution作成の際にいったん析出してしまうと、FLAG結合タンパクのIP Beadsからの溶出効率が著しく下がるので、推奨使用濃度の3倍以上をBeadsに加えて使用している」ということでした。

このようなことは、本当にそんなによくあることなのでしょうか。
data sheetに書いてある濃度でstock solutionを作ると頻繁に析出してしまうというのは、かなり問題だと思います。

また3XFLAG peptideは高価なので、推奨の3倍濃度で使用すると、かなりのお金がかかります。

私としては、そもそも析出しない条件でstock solutionを作成する必要があるように思います。

皆様は、このような問題に悩まれた経験はおありでしょうか。

またその場合は、析出しないよう、Bufferや作成法など、何か工夫されていたりするのでしょうか。

近々、再度このstock solutionを作成する予定があるので、皆様の経験を教えていただけると助かります。どうぞ宜しくお願い致します。

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