BioTechnicalフォーラム [コロニーダイレクトシークエンシング]

コロニーダイレクトシークエンシング

No.1807-TOPIC - 2013/05/09 (木) 20:48:35 - ぽにょ

ｐUC18系プラスミドにインサート（約1000bp）をライゲーションし、コンピテントセルとしてはDH5αかJM109に形質転換をする計画をしています。

当初、その次のステップとして、コロニーダイレクトPCRを行って、インサートの有無をアガロース泳動で確認し、切り出しで精製したものを、シーケンス外注に出そうと考えていました。

しかしネットで検索すると、最近は、コロニーダイレクトシークエンシングという方法もあるらしい事を知りました。シーケンスの外注先では、BigDyeTM terminator を用いているらしいです。もし、コロニーをつついた爪楊枝を水を少し入れたチューブにつついたものと、シーケンス用プライマーを入れたチューブを送るだけで、シーケンス結果が得られたら非常に楽になるなと思いつきました。実際に、そんな事を試された方はいらっしゃいますか？使用感はいかがだったでしょうか？何か注意点は無いでしょうか？
　

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No.1807-8 - 2013/05/15 (水) 07:59:37 - ぽにょ

御意見をありがとうございました。

先方に問い合わせたところ、

1カ所からは、汚い材料からのシーケンスは信用しない方が良い、という回答を得ました。

もう1カ所からは、今後検討するけれども今は受託していない、という回答を得ました。

カルタヘナ法の関係もありますし、自分でシーケンスする以外では、まだ一般的ではないと結論しました。

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No.1807-7 - 2013/05/13 (月) 13:17:52 - おお

>「譲渡し、若しくは提供し、又は委託して使用等をさせようとする」

ありがとうございました。すっきりしました。

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No.1807-6 - 2013/05/13 (月) 12:48:09 - ~

受託会社がどこで、どのような手続きで受託しているのか分からないので、見当はずれなことを言っているかもしれませんが。

>[Re:5] おおさんは書きました :
> 譲渡の定義は何でしょうか。。。

いわゆるカルタヘナ法第26条への対応なので、「譲渡し、若しくは提供し、又は委託して使用等をさせようとする」行為です。
委託して遺伝子組換え生物を使用した操作（シークエンシング）をさせますので、生きたまま送るのであればこれに該当しないと主張するのは難しいでしょう。

ただ、受託会社はその辺のことは確認して受託しているはずですけどね。
必要な手続きか、法に該当しなくなる処理法のどちらかは説明してくれるはずでしょう。

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No.1807-5 - 2013/05/13 (月) 10:44:00 - おお

譲渡の定義は何でしょうか。。。
ボイルするなどで不活性化した状態ならいいのかなぁとおもったり。ただボイルが妥当と判断されるか。。。

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No.1807-4 - 2013/05/13 (月) 10:02:50 - ~

所属団体によっては、（譲渡先だけでなく）遺伝子組換え実験安全委員会への譲渡の届け出の提出が必要なところがありますね。

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No.1807-3 - 2013/05/12 (日) 10:18:32 - es

カルタヘナ法の順守