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detergent-soluble lysate、whole & total cell lysate違い トピック削除
No.1993-TOPIC - 2013/05/12 (日) 13:35:29 - lysateいろいろ
基本的な点かもしれませんが、ご教示よろしくお願いします。

WBで使うcell lysateの呼び方に関する質問です。
TritonX-Tris lysis bufferで回収したサンプルを指して「whole cell lysate」と話したところ、別の研究者から「それはwhole cell lysateではなくて、detergent-soluble lysateだろ」と指摘されました。
TritonX-Tris lysis bufferで回収した場合は細胞質蛋白が主でしょうから、相手の言うことはもっともだと思います。

そこで疑問に思ったのは、どんなdetergent・lysis bufferで回収したら「Whole cell lysate」と呼んでいいのだろうか?ということです。
RIPA buffer、もしくは1xSDS sample bufferで回収して初めてwhole cell lysateになる、という考えでいいでしょうか。

また似た用語で"Total cell lysate"というのも使われていますが、これは"Whole cell lysate"とまた違いがあるのでしょうか。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.1993-5 - 2013/05/13 (月) 20:44:10 - lysateいろいろ
色々とご意見ありがとうございます。

特に明確な定義はないのですね。
TritonXで可溶化した場合でも、不溶化分画に注目しているのでなければ、論文中で"Whole cell lysate"と自ら定義してその用語を使うことはまず問題ないということですね。

SDSでも完全に可溶化できないとなると、本当の意味での"Whole cell lysate"は存在しないということですか。

detergent-soluble lysate(extract)と言う場合は、はっきりdetergentを明記しておくことが必要ということですね。

ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.1993-4 - 2013/05/12 (日) 18:36:49 - qq
detergent-soluble lysateって、何か変。
detergent-soluble extractでしょ?

(無題) 削除/引用
No.1993-3 - 2013/05/12 (日) 17:51:29 - くぁWせDRFTGYふじこLP;@:「
detergent soluble lysateという言葉は他者に正確な情報が伝わらないので適切でないとおもいます。可溶化の方法、つまりたとえばどのようなdetergentを使ったかにより可溶化されてくる成分はしばしば大きく異なるからです。よってこのような場合、Triton x100-solubilised lysateとかtriton X 100-soluble fractionとか具体的に使用したdetergentを冠することが必要と思います。triton xなど非イオン性界面活性剤で可溶化した場合核タンパク質のかなりの部分、とくにクロマチンが溶けなくて遠心すると沈殿に行きます。


蛋白質の解析が目的の場合、現状では、より多種類の蛋白質に対して可溶化能が最も高いのはSDSと思います(もちろん、一部のアミロイド蛋白質繊維など、SDSでも容易に溶けない蛋白質もあると思います。ただこれで可溶化出来ないものは、実験室レベルでの一般的な生化学的解析自体が難しいとおもいますし)。なのでSDS-solubilised fractionをWhole cell lysateといってもいいと思います。

(無題) 削除/引用
No.1993-2 - 2013/05/12 (日) 14:32:28 - おお
厳密な定義はきいたことがありません。絶対的な共通の定義はないのだろうとおもいます。なので何の前提もなしに違うとかいうのは、変だと思います。

whole cell lysateやtotal lysateは細胞をfractionationせずにlysateをつくったとするならTritonをつかってもwhole cell lysateですし、detergent-solubleだってRIPAでlyseしてもSDSつかってもdetergent-solubleっていえるとおもいます。

ぎゃくにtritonで解けにくい部分に注目しているばあいは、tritonでlysateをつくっても、whole cell/total cell lysateとはいいにくくなるのも本当です。

話が通じるように一度定義を話し合えばいいのだと思います。学会などで発表するときなどで必要があるなら1% triton x-100をふくむTBSで溶解した。以下これをtotal lysateとする。などいえばいいかと思います。

detergent-soluble lysate、whole & total cell lysate違い 削除/引用
No.1993-1 - 2013/05/12 (日) 13:35:29 - lysateいろいろ
基本的な点かもしれませんが、ご教示よろしくお願いします。

WBで使うcell lysateの呼び方に関する質問です。
TritonX-Tris lysis bufferで回収したサンプルを指して「whole cell lysate」と話したところ、別の研究者から「それはwhole cell lysateではなくて、detergent-soluble lysateだろ」と指摘されました。
TritonX-Tris lysis bufferで回収した場合は細胞質蛋白が主でしょうから、相手の言うことはもっともだと思います。

そこで疑問に思ったのは、どんなdetergent・lysis bufferで回収したら「Whole cell lysate」と呼んでいいのだろうか?ということです。
RIPA buffer、もしくは1xSDS sample bufferで回収して初めてwhole cell lysateになる、という考えでいいでしょうか。

また似た用語で"Total cell lysate"というのも使われていますが、これは"Whole cell lysate"とまた違いがあるのでしょうか。

よろしくお願いします。

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