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(無題) 削除/引用 No.1994-12 - 2013/05/13 (月) 12:33:25 - おお ありがとうございました。ブラックボックスというより定量用ソフトではないからというふうな表現の方が的をえているとおもいました。 見えをよくするためのものだから、実際のデーターがいがめられているかもしれないとすると、定量しなくとも図を作ること自体がしらないフィルターを通るという風にもいえるわけで、photoshopで図をつくるなとはいわれませんよね。。。

(無題) 削除/引用 No.1994-11 - 2013/05/13 (月) 12:05:26 - toyo >ガンマ補正はいろいろなイメージング機器のソフトにもついてますよね。その操作性もあまり複雑ではないですし。。。扱いによってはガンマ補正上のデーターで定量してしまうことはできるのではないかと、、、 機器メーカのソフトでも単に撮影するためのものは元データに対してガンマ補正など簡単にかけられるようになっていますが、ImageJやLASのバンドルソフトなど定量を前提としているものはLUTだけ変えるようになっていることが多いです。 勝手に元データをいじらないという点が大事だと思います。 >もとの画像データーをいじっていないという前提でやれば問題がない Photoshopのブラックボックス部分がそういった操作をしていないという前提であれば、この部分はロジカルには同意しますが、Photoshopはもともと画像の見栄えを良くするためのソフトだと認識されていると思うので、Photoshopで定量したと論文に書くとケチがつくのではないでしょうか？ それならば最初からImageJなど定量するためのソフトで定量した方が話が早いと思うのですが、いかがでしょうか。 話の流れからすると、おおさんはどうしてもPhotoshopで定量したい特殊な事情がおありなのではないですか？ もしそうであれば、その事情を論文に書けば批判を回避できるかもしれませんね。 別のスレッドで何か話があったのかもしれないですが、私はフォローしていないので、一般的な話しかできず申し訳ありません。

(無題) 削除/引用 No.1994-10 - 2013/05/13 (月) 10:37:45 - おお >[Re:9] toyoさんは書きました : > 皆さんご存知のこととは思いますが、ここまでの話題に出てこなかったようなので、一応指摘しておきます。 > Photoshopはもともと画像の定量解析を目指したソフトではないために、見栄えを良くするための非線形変換(ガンマ補正など)が簡単にできてしまいますよね。 ガンマ補正はいろいろなイメージング機器のソフトにもついてますよね。その操作性もあまり複雑ではないですし。。。扱いによってはガンマ補正上のデーターで定量してしまうことはできるのではないかと、、、 > しかもLUTを弄るのではなくて直接元画像のデータを変更してしまいます。 > 単なるブラックボックスというだけではなくて、そのあたりが勝手に処理されて、結果に影響を与えている可能性を疑ってしまうのではないでしょうか。 そういう見方もあるのですか。お示しの事実についてはしっているのですが、理由として聞いたことがあるのはブラックボックスだからということなんですけど。もしその指摘している点が懸念であれば、もとの画像データーをいじっていないという前提でやれば問題がないわけで、フォトショップはだめだという批判がかわせますよね。 > 画像の定量を考えると、このような点でPhotoshopは機器メーカーのバンドル製品と大きく違うように思います。

(無題) 削除/引用 No.1994-9 - 2013/05/13 (月) 10:22:16 - toyo 皆さんご存知のこととは思いますが、ここまでの話題に出てこなかったようなので、一応指摘しておきます。 Photoshopはもともと画像の定量解析を目指したソフトではないために、見栄えを良くするための非線形変換(ガンマ補正など)が簡単にできてしまいますよね。 しかもLUTを弄るのではなくて直接元画像のデータを変更してしまいます。 単なるブラックボックスというだけではなくて、そのあたりが勝手に処理されて、結果に影響を与えている可能性を疑ってしまうのではないでしょうか。 画像の定量を考えると、このような点でPhotoshopは機器メーカーのバンドル製品と大きく違うように思います。

(無題) 削除/引用 No.1994-8 - 2013/05/13 (月) 02:02:14 - おお qqさんありがとうございました。 機器メーカーのソフトについて鋭い指摘ですが、そうするとそう言う不都合はphotoshopには当てはまらないということになりますね。ということは機器メーカーのソフトをつかうぐらいならphotoshopをつかったほうがいいという判断にもなりそうな気がしてきました。 富士のBASのソフトはよく使ってますけどね。。。

(無題) 削除/引用 No.1994-7 - 2013/05/12 (日) 22:01:51 - qq >そう言うソフトはブラックボックスになっているといえないのでしょうか。 　分析機器メーカーが直接、解析ソフトを作っている場合も、いくつかは有るのかもしれませんが、多くの場合はソフトウェアメーカーに外注してると思います。つまり、分析機器メーカーのカスタマーサービスや技術は、自社の解析ソフトに関してセールス以上のことを殆ど知らないのではないかと思います。解析ソフトのアウトソースは、ソフトで使用してるコードのライセンスがどこかのライセンスの抵触しているとしても、外注だから解らなかったということで、内外に言い逃れることを少しだけ可能にしそうです。ユーザー（特に金を出す人）も簡単に結果が欲しいので、ImageJの使用法や、Rのプログラミングに習熟するより、簡単なソフトをバンドルしてほしいと言うのではないでしょうか。 　ImageJはどうなのかというと、オープンソースと言っても、アルゴリズムはソースコードを本気で読まないと判らないでしょうから、それはそれで大変そうです。少なくとも、ImageJやRそしてplug-inを開発した人が判ることが、重要なのです。ここがヘンと作者にメールを送ると、それなりの対応があるところが重要だと思います。分析機器メーカーに同じようなメールを送っても、外注であれば解析ソフトの製作チームには決して伝わらないだろうなと思います。だいたい、解析ソフト開発を受託したソフトハウスとの契約が既に切れていて、そんなに簡単に対応できないかもしれません。 excelの関数の件は、gnumericにするのが良いということです。gnumericは大変高機能ですが、（最近のバージョンで）動きが遅いように思います。

(無題) 削除/引用 No.1994-5 - 2013/05/12 (日) 21:33:04 - おお みなさんありがとうございました。ImageJ/NIHimageはていばんですね。いまおもっているのはphotoshopをよしとしない理由が他のソフトで当てはまらないのか、当てはまるとしたらそのソフトは使わない方がいいのか、使っているならその現状はなぜよしとするのかということなんです。 excelの統計に関するものは示されたものを見る限りさいていですね。

(無題) 削除/引用 No.1994-4 - 2013/05/12 (日) 18:47:46 - AA やはりImageJが一番一般的に利用されている画像解析ソフトであるような気はします。 オープンソースであることはブラックボックス部分がないことに加えて、カスタマイズもしやすいのが良いのではないでしょうか？ マウスの行動解析のソフトにしてもImageJを元にして装置の作成会社が作っていたりしますし。 では装置を作る企業独自のソフトはどうなのかというと、難しいですね。 例えば組織染色の像から細胞数を定量するようなアルゴリズムは、 顕微鏡を作っているような企業では各社でしのぎを削っている状態です。 知人にはキーエンスの顕微鏡付随のソフトを使っている人もいます。 結局使っている人がそれを信じられるかどうかなのでしょうが、、、

(無題) 削除/引用 No.1994-3 - 2013/05/12 (日) 17:58:05 - くぁWせDRFTGYふじこLP；＠：「 Image J　はどうでしょうか。いろいろな高度な事も出来るらしく解説書もあるらしいですが、単なるシグナル強度の定量とかならば、経験者に１、２回教えてもらえば簡単にできます。

(無題) 削除/引用 No.1994-2 - 2013/05/12 (日) 16:14:24 - 直輝 「excelでT検定」に関しては、エクセルの統計関数にはバグが多く、信用ならないからだと思います。 このページを見る限り、よく使うt検定やF検定や回帰分析にもバグありますし、ちょっとひどいです。 ttp://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/Hanasi/excel/index.html 最近のエクセルではかなり修正されていると聞いたこともあるのですが、具体的にどこまで直っているのか知りません。 （特にt検定は完璧に修正されたのでしょうか？誰か詳しい人がいたら教えてください。） 私は、危険性は認識しつつも、エクセルでt検定その他をよくします。 統計ソフトを使ってもいいのですが、ひと手間余分にかかるので… 大事な場面だけ統計ソフトで確認すればいいやと思ってます。

画像からシグナルを定量するソフト 削除/引用 No.1994-1 - 2013/05/12 (日) 14:56:54 - おお まえにもちょっと同じようなことを質問に上げたのですが、、、バンドのintensityをはかるのにphotoshopを使うのはよくない、あるいは抵抗を感じる人はまあまあいます。 理由はオープンソースでなく、画像のプロセスあるいはシグナルの強さをアウトプットするプロセスがブラックボックスになっているからだということのようです。 で、それならDNAやウエスタンのゲルイメージを撮るようなシステムをかうとその会社独自のソフトとかついてきます。顕微鏡であってもイメージングソフトがついてきて使い勝手がいいかどうかはおいておいてそれなりのことができるものがあると思います。そう言うソフトはブラックボックスになっているといえないのでしょうか。 ついでにかきますが、excelでT検定とかするのも嫌う人がいるような気がしますが、それも同じような理由なんでしょうか、、、

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