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ユビキチン化 トピック削除
No.20-TOPIC - 2012/01/10 (火) 14:33:08 - りりか
ユビキチン化を調べる実験をしています。
リジンをアラニンに変異させた変異体で実験しているのですが、過去の論文をみるとアルギニンに変異させていることが多いようです。
アラニンへの変異では問題が出てくる可能性があるでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.20-5 - 2012/03/23 (金) 18:52:03 - ユビクィティン
投稿は随分前ですが、まだこのホームページをチェックしていらっしゃいますか?

私も"多くの論文"と同じく、アルギニンに置換した変異体を使用しています。
リシンをアルギニンに置換する理由は主に2つあります。

@遺伝子置換が容易であること
リシンはAAAとAAG、アルギニンはAGAとAGG (と他4つ) というコドンにコードされています。したがって、リシンコドンの中心のAをGに置換するだけで(1塩基だけの置換で)アルギニンコドンに変えることができます。

A構造的に似ていること
リシンとアルギニンはともに側鎖にアミノ基をもつ塩基性アミノ酸です。したがって、リシンの側鎖がタンパク質の構造維持に重要な役割を果たしている場合でも、アルギニンならば置換による影響を他のアミノ酸より小さくできると思われます。

逆にお聞きしますが、なぜアラニンに置換しているのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.20-4 - 2012/01/12 (木) 22:37:25 - Harmonia
ぼくがその論文を査読するなら、Rにしろと言います。
そうなると、「Aで問題ないという反論」を書くはめになります。
その反論がもっともであれば通ると思いますが。

Rである理由は「多くの論文がそうだから」ですが、査読のやり取りでは何も書かないでしょう。

後ろ向きな対応ですが、Rにしておく方がいいです。

ホントウの理由は、KとRとAを生化学の教科書などで見比べて考えてください。似てるのに違う、ということが大事です。

文字を見ても、Kの斜め上に伸びたところを曲げるとRになりますね。
Aだと、そんなに単純ではない。

(無題) 削除/引用
No.20-2 - 2012/01/10 (火) 14:57:21 - TS
問題が出てくるかどうかはわかりませんが、
塩基性アミノ酸同士で置換するのが一般的なのではないでしょうか。

ユビキチン化 削除/引用
No.20-1 - 2012/01/10 (火) 14:33:08 - りりか
ユビキチン化を調べる実験をしています。
リジンをアラニンに変異させた変異体で実験しているのですが、過去の論文をみるとアルギニンに変異させていることが多いようです。
アラニンへの変異では問題が出てくる可能性があるでしょうか?

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