APさん
ありがとうございます。
例えば(前と違うやつですみません。いろいろなものを見ていたもので。)
Mus musculus strain C57BL/6J chromosome 19 genomic contig, GRCm38.p1 C57BL/6J MMCHR19_CTG1_2
を開いて中を見ていたところ、
gene <1..>61584
/gene="Pten"
/gene_synonym="2310035O07Rik; A130070J02Rik; AI463227;
B430203M17Rik; MMAC1; TEP1"
/note="phosphatase and tensin homolog; Derived by
automated computational analysis using gene prediction
method: BestRefseq."
/db_xref="GeneID:19211"
/db_xref="MGI:109583"
などとあり、
事実上、PTENを指しているのかと思い、遺伝子名としてしまいました。
全ゲノムの配列の一部を指しているということですね。
間違いが分かってよかったです。ありがとうございます。
ちなみにその区切りはどのように決められているのでしょうか。
また、GRCm38.p1についても間違いを訂正していただきまして、ありがとうございます。
全ゲノムデータのバージョンを指しているのですね。
私の勉強不足であまり多くの遺伝子名を知らないために、
MMCHR19_CTG1_2内にPTEN以外の遺伝子名を見つけられませんでした。
この配列はPTEN以外にも何かの遺伝子も含んでいるのでしょうか。
先に質問した、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NT_039551、についてですが、
これは中身を見ても、GENE＝○○とは書かれていません。
一読してみますと、
REFERENCE 3 (sites)
AUTHORS Lowe,T.M. and Eddy,S.R.
TITLE tRNAscan-SE: a program for improved detection of transfer RNA genes
in genomic sequence
JOURNAL Nucleic Acids Res. 25 (5), 955-964 (1997)
PUBMED 9023104
REMARK This is the methods paper for tRNAscan-SE.
という部分を見つけました。
これはtRNAがコードされている配列なのでしょうか。
これもまたトンチンカンな質問なのでしょうが、もしよろしければご教授いただけませんでしょうか。
よろしくお願いいたします。
分かりにくい文章になってしまったのでまとめますと、
１．いくつかあるMMCHR19_CTGどうしの区切り
２．MMCHR19_CTG1_2の配列内の遺伝子
３．MMCHR12_CTG7はの配列内の遺伝子
についてご教授いただければと思います。
あまりに無知で大変申し訳ございませんが、よろしくお願いいたします。 |
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