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(無題) 削除/引用 No.2039-11 - 2013/05/31 (金) 13:20:43 - おお >[Re:9] プロテイン　スキマーさんは書きました : > お礼が遅くなってしまいましたがご報告だけでも・・・ > > > いろいろと予測サイトを見たのですが > 扱っている生物がマイナーでして予測は難しそうでした。 > 結局しめされたWEB TOOLではもともとの配列でもsignal peptideの領域が予測できなかったっていうことのんでしょうか、、、予想的中率は70%以上はあるもののパーフェクトではないようですし、、、 ではそのsignal peptideはどの様にして見つけたんでしょうか?N-末の配列を読んだりして決めたのでしょうか、それともなんかからの予測なんでしょうか、、、その辺にもひんとがひそんでるかもですね。

(無題) 削除/引用 No.2039-10 - 2013/05/30 (木) 17:00:47 - targetP マイナーな生物ということで、一つ論文を思い出した。 参考になるかどうか分からないけど。 関係者じゃないので、手法の解説が出来るほどは分かってません。 ttp://mbe.oxfordjournals.org/content/25/6/1167.long

皆さんありがとうございます 削除/引用 No.2039-9 - 2013/05/30 (木) 16:40:34 - プロテイン　スキマー お礼が遅くなってしまいましたがご報告だけでも・・・ いろいろと予測サイトを見たのですが 扱っている生物がマイナーでして予測は難しそうでした。 ご紹介していただいた論文を参考にしつつ やはり実験で確かめてみたいと思います。 色々と助言をくださりありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2039-8 - 2013/05/29 (水) 14:24:00 - 独り言 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ > 質問したかったことは > シグナルペプチドのｃ末端２アミノ酸残基が欠損していても > シグナルペプチドの機能にあまり影響はないのでしょうか？ > > もし影響があるとすればどの様な影響が考えられるでしょうか？ > とりあえず、そのバリアントの配列をここに http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ ぶちこんでみる。それで、実際にシグナルペプチド予測が激変していたら、本当にシグナルペプチドが潰れているかも。 もちろん、ちゃんと実験で確かめないと、正確な答えはでませんが。

(無題) 削除/引用 No.2039-7 - 2013/05/29 (水) 14:20:37 - AP シグナルペプチドには親疎水性やチャージに、共通するざっくりとした特長はありますが、配列にコンセンサスがあるわけではなく、長さも比較的幅がある（15~30残基前後）ので、それぐらいの変化では、最悪でもシグナルペプチドとしての機能が失われつということはなさそうです。シグナルペプチド最末端のN末はERへの転移効率に影響がありますが、C末の変化であるならばシグナルペプチダーゼによる割断に影響がある可能性はあります。 まあ、これでも読んで考えてみたまえ。 ttp://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000398610500305X

(無題) 削除/引用 No.2039-6 - 2013/05/29 (水) 13:55:24 - プロテイン　スキマー 回答ありがとうございます。 ＞そのバリアントの配列で、細胞局在の予測をやってみる(WEB上でも何カ所化できるところがあると思う)。 初めて聞きました。使えるサイトを探してみます。 ＞いろいろな組織、細胞、条件などで発現の変化があるかみてみる。実際に翻訳されているかたしかめる。発現させて局在を見る。 はい。発現されているか確認したいと思います。 ＞いままで報告がないかしらべてみる。ほかの種ではどうか、データーベースなどで確かめてみる。 NCBIのデータベースには欠損してない方の配列はありました。 データベースと論文をさらに詳しく調べてみます。

(無題) 削除/引用 No.2039-5 - 2013/05/29 (水) 13:51:43 - おお >[Re:4] プロテイン　スキマーさんは書きました : > シグナルペプチドのｃ末端２アミノ酸残基が欠損していても > シグナルペプチドの機能にあまり影響はないのでしょうか？ ->そのバリアントの配列で、細胞局在の予測をやってみる > もし影響があるとすればどの様な影響が考えられるでしょうか？ 簡単に想像できそうなことはありますが、それ以上のことがおきているかもしれませんので実験で調べてみるのがいいんじゃないでしょうか。

申し訳ありません 削除/引用 No.2039-4 - 2013/05/29 (水) 13:26:40 - プロテイン　スキマー 申し訳ありません。 質問文を削除してました。 質問したかったことは シグナルペプチドのｃ末端２アミノ酸残基が欠損していても シグナルペプチドの機能にあまり影響はないのでしょうか？ もし影響があるとすればどの様な影響が考えられるでしょうか？ どうぞよろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.2039-3 - 2013/05/29 (水) 12:39:47 - おお そのバリアントの配列で、細胞局在の予測をやってみる(WEB上でも何カ所化できるところがあると思う)。もし全長を見てなかったら、全長としてどんなmRNAがあるか、などみてみる。いろいろな組織、細胞、条件などで発現の変化があるかみてみる。実際に翻訳されているかたしかめる。発現させて局在を見る。いままで報告がないかしらべてみる。ほかの種ではどうか、データーベースなどで確かめてみる。 とりあえず手当たり次第でかいてみました。

(無題) 削除/引用 No.2039-2 - 2013/05/29 (水) 01:43:32 - 独り言 ふむ。 スプライシングバリアントですか。 それで、何をご教授すればいいんだろうなぁ？？？ まず、僕らは、質問者さんが何を知りたいのかどうかから、考えないといけないみたいなんだなぁ。

シグナルペプチドについて 削除/引用 No.2039-1 - 2013/05/29 (水) 01:05:18 - プロテイン　スキマー 学生です。 ある遺伝子を同定したのですが少し壁にぶつかったので助言を頂きたく 質問します。 今回同定したmRNAの配列を解析したたところ選択的スプライシングが原因でmRNAのバリアントが２種類あることが分かりました。 一方は340アミノ酸残基、もう一方はｎ末端側からから数えて２０から４０アミノ酸残基の約２０アミノ酸残基だけ欠損した３２０アミノ酸残基でした。 この欠損している部分にシグナルペプチドのｃ末端２アミノ酸残基分含まれていました。 ご教授よろしくお願いします。

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