Bio Technical フォーラム

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ユビキチンアッセイについて トピック削除
No.2069-TOPIC - 2013/06/06 (木) 12:58:55 - まさ
いつも大変お世話になっております。
Flag-tagの付いたタンパクをFlag抗体でIPの後、ユビキチン抗体でウェスタンを行い、目的タンパクのユビキチン化の程度をみる実験をしています。このタンパクは別の多くのタンパクと相互作用をしているため、IPをしただけでは、ユビキチン化が、目的タンパク由来のものか、相互作用しているタンパク由来のものか判別ができないことに気が付きました。この場合、どのような方法で目的タンパクだけのユビキチン化を評価すれば良いでしょうか?たとえば、高濃度SDSなどをLysis Bufferとして用いて、すべての相互作用を断ち切って、IPを行うといったことも可能なのでしょうか?よろしくお願い申し上げます。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2069-4 - 2013/06/06 (木) 14:19:34 - まさ
おお様

詳細なお返事を頂き有難うございました。
ご紹介頂いたプロトコールをさっそく試してみたいと存じます。
今後ともよろしくお願い申し上げます。

(無題) 削除/引用
No.2069-2 - 2013/06/06 (木) 13:22:44 - おお
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3149903/

1%-2%のSDSを含むlysis bufferで変成させておいて(ボイルするばあいもあります)、10倍以上の希釈を行った後で(たとえばRIPAバッファーは0.1%のSDSを含むのでそれと同じような組成になるようにうすめる)、IPするというのがあります。SDSだけであれば抗体はへたりますが、ほかのデタージェントが入った状態で、低濃度であればIPできる抗体はありますので。

hot lysis buffer ubiquitinなどで検索するとそういう例が見つかると思います。上記URLはSDS最終濃度は0.2%になりますかねぇ。いろいろな物を見るとちょっと高めかもしれません。

SDSがきもちわるいなら尿素やグアニジンで変性後、IPで使うバッファーで透析というのも可能かと。

ユビキチンアッセイについて 削除/引用
No.2069-1 - 2013/06/06 (木) 12:58:55 - まさ
いつも大変お世話になっております。
Flag-tagの付いたタンパクをFlag抗体でIPの後、ユビキチン抗体でウェスタンを行い、目的タンパクのユビキチン化の程度をみる実験をしています。このタンパクは別の多くのタンパクと相互作用をしているため、IPをしただけでは、ユビキチン化が、目的タンパク由来のものか、相互作用しているタンパク由来のものか判別ができないことに気が付きました。この場合、どのような方法で目的タンパクだけのユビキチン化を評価すれば良いでしょうか?たとえば、高濃度SDSなどをLysis Bufferとして用いて、すべての相互作用を断ち切って、IPを行うといったことも可能なのでしょうか?よろしくお願い申し上げます。

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