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(無題) 削除/引用 No.2127-9 - 2013/07/10 (水) 17:52:31 - a もしRIを使えるなら、全RNAを5'-32Pラベルして、泳動してみると良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.2127-8 - 2013/06/27 (木) 16:23:57 - おお 1μgのRNAのRNAで未処理(intact)のRNAもみれないなら、実験系に根本的な問題があるかもしれません。。。

断片化RNAの視覚化 削除/引用 No.2127-7 - 2013/06/25 (火) 10:13:22 - トマト > APさん 変性ゲルを用いて泳動しました。泳動後にEtBrでゲルを染めました。 　1μgのRNAをアプライしたのですが・・・。今度はEtBrを添加してみようと 　思います。アドバイスありがとうございます。 > Pumpkinさん 　バイオアナライザーですか。使ったことが無いのですが、少し調べて見たい　　と思います。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2127-6 - 2013/06/25 (火) 02:01:43 - おお アジレントのバイオアナライザーならピコグラムで検出可能なようですが(高感度のほうで)、どの程度の量をインプットできるのか、またどのように切断されるのかで検出できるかどうか変わってきます。それと専用のまシーンが必要ですし。 電気えいどうしてノーザンでもいいかと思いますが、どうでしょうか。しっかりやればnon-RIでもバイオアナライザーより検出感度は高いと思います。加えてプローブを工夫すればフラグメントがどの部分かという情報も得られると思います。 http://www.gelifesciences.co.jp/technologies/southern_northern/guide1.html?link=rcmd

(無題) 削除/引用 No.2127-5 - 2013/06/24 (月) 21:57:31 - ga アジレントのバイオアナライザーに一票

(無題) 削除/引用 No.2127-4 - 2013/06/24 (月) 21:53:19 - AP >泳動してみましたが検出不可でした。 泳動方法と検出方法は？ Northern blotで検出したら相当感度があがるでしょう。 蛍光色素で染色して検出するなら、一本鎖RNAを強く染められる色素で。 フォルムアルデヒド変性して流す場合、サンプル変性の段階でEtBrを入れておくと、インターカレーションによらない様式（共有結合？）でRNAが強く染まります。

(無題) 削除/引用 No.2127-3 - 2013/06/24 (月) 20:42:14 - ｃDNA 検出出来ない原因が量なのかサイズなのか分かりますか？ サイズが小さい領域、詳しくは知りませんが、100bぐらいまでならMSが感度がいいし、サイズも分かりますよね。 それ以上なら分離はキャピラリー電気泳動が一番良さそうな気がしますが、検出はUVで足りるのか、MSが必要なのか分かりません。 HPLCでも出来る気がします。 HPLCメーカーのサイトでDNAの断片を見ているのはありますね。 量が概算出来るなら、近くの分析屋さんに聞けば出来そうな気がします。

(無題) 削除/引用 No.2127-2 - 2013/06/24 (月) 20:12:57 - Pumpkin どの程度に断片化されているかによりますが、 （長すぎると見えないかも） アジレントのバイオアナライザーで可視化できないかな？ これなら量が少なくてもいけるかも。

断片化RNAの視覚化 削除/引用 No.2127-1 - 2013/06/24 (月) 19:30:14 - トマト いつもお世話になっております。 現在、薬剤を用いて10kb程のウイルスゲノムRNAをランダムに切断する実験を 行なっております。ウイルスの複製が起こらないことから、この薬剤処理にて ゲノムRNAが切断されている事が示唆されるわけですが、実際にどのような切断パターンになっているかを例えば電気泳動などで調べたいのですが、過去にそのような実験をしている実験も無く、自分でもゲノムを抽出し泳動してみましたが検出不可でした。 どなたか電気泳動だけでなく、何か良い検出方法を知っている方がいれば アドバイス頂けないでしょうか。宜しくお願いします。

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