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(無題) 削除/引用 No.2351-6 - 2013/09/11 (水) 17:03:19 - サンショウウオ http://fold.it/portal/ ６−８残基程度の長さであれば、上のソフトのContestsからフリーモードでシミュレーションして、半自動でペプチドの構造最適化が行えます（長さ10残基が下限ですが、ペプチド途中をカットすることで回避は可能かも）。二次構造も自分で決定した上で最適化が可能です。

(無題) 削除/引用 No.2351-5 - 2013/09/11 (水) 03:43:18 - おお http://www.nature.com/srep/2012/120813/srep00571/full/srep00571.html

(無題) 削除/引用 No.2351-4 - 2013/09/11 (水) 00:15:09 - おお そういえばちょっと前にD-waveとかいう量子コンピューターを利用して短いペプチドの構造を予測(計算)したっていうのがあったけど、、、D-wave量子コンピューターじたいは問題の解決方法が通常のコンピューターと違うので、通常のコンピューターでどの程度できるものかわかりませんが、そう言うのがもしかしたら参考になるかもしれません。あとはアミロイドなどは分子間で構造をとりますけど、そういうのはいろいろやられているかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.2351-3 - 2013/09/10 (火) 17:46:52 - SUmmer8 二次構造の予測はできますが、短いペプチドであっても三次元構造の予測は難しいようです。 それと、具体的にどのようなことが知りたいのでしょうか。 ペプチド屋さんの場合、知りたいことは側鎖の向きや隣り合う残基間の相互作用だったりしますよね。タンパク質の三次構造予測プログラムでは側鎖の向きまでは考慮されていないように思われます。何を目的にして、どの程度の精度を求めているのかを書いてもらえるとアドバイスしやすいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.2351-2 - 2013/09/10 (火) 12:06:43 - qq 三次元構造予測でggr そもそも６−８残基の短いペプチドに単一の三次元構造があるの？

ペプチドの構造予測 削除/引用 No.2351-1 - 2013/09/09 (月) 20:37:06 - Pep ６−８残基の短いペプチドの三次元構造予測をしたいのですが、何かよいフリーウェアはありませんか？ できれば、予測後の構造について、RMSD等の解析を加えたいのですが。

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