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ゲノムDNAを使用したリアルタイムPCR トピック削除
No.2382-TOPIC - 2013/09/18 (水) 16:49:29 - ゲノムDNA
お世話になっております。

ある実験で細胞のゲノムDNAを抽出し、18SrRNA領域に設定したプライマーでリアルタイムPCRを行いました。

このサンプル(ゲノムDNA)を使って、サイトカイン・ケモカインプライマーなどでリアルタイムPCRを行った場合、結果は正確なのでしょうか。

というのも、通常ですと、サイトカイン・ケモカインプライマーなどを利用してリアルタイムPCRを行う場合、cDNAを使用するからです。
しかし、抽出したのはゲノムDNAであり、使用できるなら使用したいなあと考えております。

御教授宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.2382-6 - 2013/09/18 (水) 17:32:21 - う
>このサンプル(ゲノムDNA)を使って、サイトカイン・ケモカインプライマーなどでリアルタイムPCRを行った場合、結果は正確なのでしょうか。



他の方もおっしゃっていますが、何が目的でしょうか?
サイトカインやケモカインの「何を」ゲノムを使ってリアルタイムPCRで定量しようと?

サイトカインやケモカインの発現量なら、発現の増加があるのはmRNAであって
それから作るcDNAを用いるのなら理解できます。

ゲノムを使って発現量を定量はできませんから・・・(私が無知でできるのでしょうか?)

(無題) 削除/引用
No.2382-5 - 2013/09/18 (水) 17:30:49 - AP
>というのも、通常ですと、サイトカイン・ケモカインプライマーなどを利用してリアルタイムPCRを行う場合、cDNAを使用するからです。

この時の目的によってはgenomic DNAでも等価のことができるかもしれないが、、、
ストレートに考えると、cDNAでリアルタイムPCRというのは遺伝子の発現量をRNAのコピー数として計測する手法である。この目的でゲノムDNAを鋳型にしても全く意味が無いということは、わかるでしょう?

>ある実験で細胞のゲノムDNAを抽出し、18SrRNA領域に設定したプライマーでリアルタイムPCRを行いました。

rDNAは多コピー(真核生物なら数百のオーダー)がタンデムに並んでいて、このコピー数は個体差がある。検体のゲノムの中にrDNAが何コピーあるかを求める実験だとすれば、リアルタイムPCRを用いたという筋が通る。

(無題) 削除/引用
No.2382-3 - 2013/09/18 (水) 17:25:49 - R
何がしたいのかは分かりませんので、何をもって正確とするかは分かりませんが、、、

cDNA用のプライマーセットでゲノムをPCRする際には、
大抵イントロンを挟むことになると思いますので、、、
PCR productの長さを基にelongationの時間を設定し直せば、
PCRがかかると思われます。

(PCR産物の長さ次第ですが)

最近、PCR関連の質問が多い気がしますが、
PCRについて習ったり、ご使用の酵素やキットの説明書は読まないのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2382-2 - 2013/09/18 (水) 17:18:29 - おお
ゲノムかcDNAを使うかは目的によるので、正確かどうかといっても目的次第というか、目的によっては全く意味がありません。

ゲノムDNAを使用したリアルタイムPCR 削除/引用
No.2382-1 - 2013/09/18 (水) 16:49:29 - ゲノムDNA
お世話になっております。

ある実験で細胞のゲノムDNAを抽出し、18SrRNA領域に設定したプライマーでリアルタイムPCRを行いました。

このサンプル(ゲノムDNA)を使って、サイトカイン・ケモカインプライマーなどでリアルタイムPCRを行った場合、結果は正確なのでしょうか。

というのも、通常ですと、サイトカイン・ケモカインプライマーなどを利用してリアルタイムPCRを行う場合、cDNAを使用するからです。
しかし、抽出したのはゲノムDNAであり、使用できるなら使用したいなあと考えております。

御教授宜しくお願い致します。

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