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SSU rRNAの二次構造予測 トピック削除
No.2413-TOPIC - 2013/10/01 (火) 16:20:35 - たいちゃん
いつも勉強させていただいております。
ご存知の方がいらっしゃればご教授いただきたいです。

16S rRNA遺伝子の二次構造を予測するためのフリーソフトなどご存知でしょうか?
もしくは自力で作成する方法などを紹介したサイトをご紹介下さい。


大腸菌の二次構造をモデルに、自分である環境からクローン化した16S rRNA遺伝子塩基配列の二次構造を予測したいのですが、大腸菌の配列と違いすぎて、参考になりません。困っています。

どうぞよろしくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2413-3 - 2013/10/01 (火) 19:22:45 - たいちゃん
AP様

完全に見落としていました。
早速試してみます。

アドバイスどうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2413-2 - 2013/10/01 (火) 16:45:28 - AP
RNA structure prediction
とか適当なキーワードで検索するといろいろ出てくる。
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_RNA_structure_prediction_software
http://www.molbiol-tools.ca/RNA_analysis.htm

わたしは、初期のGenetyxで、パッケージされているRNA 二次構造予測という素朴なソフトでやったことしかないけれど(出力がテキストベースというかアスキーアートっぽい)。

SSU rRNAの二次構造予測 削除/引用
No.2413-1 - 2013/10/01 (火) 16:20:35 - たいちゃん
いつも勉強させていただいております。
ご存知の方がいらっしゃればご教授いただきたいです。

16S rRNA遺伝子の二次構造を予測するためのフリーソフトなどご存知でしょうか?
もしくは自力で作成する方法などを紹介したサイトをご紹介下さい。


大腸菌の二次構造をモデルに、自分である環境からクローン化した16S rRNA遺伝子塩基配列の二次構造を予測したいのですが、大腸菌の配列と違いすぎて、参考になりません。困っています。

どうぞよろしくお願いいたします。

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