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(無題) 削除/引用 No.2490-5 - 2013/10/26 (土) 18:57:54 - qq ＞遷移状態の構造とは、AとEが結合した複合体の構造のことです。 基質や基質アナアログが共結晶される構造や、docking-simulateした構造は、遷移状態の構造とは異なるのではないでしょうか？ 反応の仕組みがきっとよく解っているセリンプロテアーゼなどで、基質を結合するが反応しないような変異を活性中心のアミノ酸に導入すると、変異体はプロテアーゼではなくペプチド結合タンパク質になるわけですよね。そのとき、活性化エネルギーは大きくなるはずですね。 計算結果が予想通り変わり、変異体の活性化エネルギーが1,000,000倍になると言う結果が得られるのであれば、結構なことですが、難しそうに思います。 ＞その速度の違いを、それぞれからなる遷移状態のエネルギーの違いから、議論したかったです。 それは、遷移状態のエネルギーとは別に、できそうな気がします。E1、E2、E3の立体構造が解っているとして、活性中心近傍を比較して何か分るかも知れません。その違いが、遷移状態のエネルギーに反映しているかもしれませんし、Kmの違いに落ち着くかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2490-3 - 2013/10/26 (土) 14:28:22 - dis qqさん、回答ありがとうございます。 特に申請とは関係ないです。 今行っている酵素反応の実験で、得られた反応速度が一般的には受け入れられがたい値だと思いますので、それが遷移状態の構造から考えると、妥当な値だといいたいのですが。 構造についてですが。 例えば、A→Pという反応が酵素Eを介して起こるとしたとき、 反応前の構造は、Aそのもので、 遷移状態の構造とは、 AとEが結合した複合体の構造のことです。 Aのエネルギー状態と、遷移状態のエネルギー状態の差が、反応速度に反映されると思われるので。 今、複数の酵素、E1, E2, E3があって、 それぞれの反応速度が全然異なっています。 その速度の違いを、それぞれからなる遷移状態のエネルギーの違いから、議論したかったです。 活性化エネルギーから、反応速度は簡単に計算できると思っていましたが、難しいようですね〜（勉強不足ですみません。）

(無題) 削除/引用 No.2490-2 - 2013/10/26 (土) 10:29:02 - qq おもしろいこと考えますね。（申請の種かな？） ＞酵素反応の、反応前と遷移状態の構造 とは、正確には何の構造のことでしょう？　酵素反応の構造はないでしょ？ ＞反応速度の測定から求めることは望んでいません。 活性化エネルギーが推定可能だとして、仮想的な幾つかの温度での反応速度をシミュレートすることになるのではないか？B-factorとか関係するのか？？ 「酵素と基質の構造から反応速度を推定できる」ことが必要なのだと思うが、それはまだ無理ではないか？「京」さんにでも頼めば良いかも。

活性化エネルギーを求める方法 削除/引用 No.2490-1 - 2013/10/25 (金) 18:22:00 - dis 酵素反応の、反応前と遷移状態の構造が分かる場合、活性化エネルギーを求めることはできませんか？ また、求めるソフトやサイトはありませんか？ 反応速度の測定から求めることは望んでいません。 構造などから、推測、計算される活性化エネルギーから、実測された反応速度について議論したいです。 ご存知の方がいましたら、ご教示いただけると嬉しいです。 よろしくお願いします。

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