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(無題) 削除/引用 No.2563-3 - 2013/11/17 (日) 19:03:21 - おお >Nanodrop関連の説明を検索したら、光路長の話だけでも「自動的に0.2mm光路長測定時の値 >を使って」とか「吸光度は10mm光路長換算で表示」とかNanodropの仕様の光路長が >0.05〜1mmとか、いろいろ出てきてよくわかりません。 この件に関してはphotometerの基本事項なので生化学や分析化学などの本の関連するところを一度落ち着いてよんでください。計算で必要な知識ですが、個々の蛋白のパラメーターには関係ありません。 >たとえば選択できるIgGではfactorが13.7になっていますがこれはどのようなリファレンスデータをもとにどのような計算式で求められますか？ うーんとそれは、その数字を導いたreference(s) (引用文献のこと)をみてみないとわかりません。 >当ラボの昔の人のノートでは係数14を使っている これも、ソースが違う情報からきているかのうせいもあります。あるいは2桁に丸めただけかもしれません。 こう言うのは実際実験に基づいて数値を決めることもあるかと思いますが、280nmの吸収はTryptophanとTyrosineの吸収からきているので、それに基づいて計算することが可能です。もちろん周りのアミノ酸のなどの環境で吸収特性が変わることがありますので、いくらかずれが生じることはあるとおもいます。 http://www.sigmaaldrich.com/life-science/custom-oligos/custom-peptides/learning-center/concentration-calculation.html http://encorbio.com/protocols/Prot-MW-Abs.htm すでに示されているProtParam toolもこれに基づいていると思われますが、一度計算値を比較してみるといいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2563-2 - 2013/11/17 (日) 16:31:28 - pa こんにちは。 13.7とか14の値は、計算ではなく、文献で報告されている、実験的に決められた値だと思います。値の違いは、参照している文献が違うのか、同じ数字の丸め方が違うだけかもしれません。14の方がどちらかと言えば慣用の数字だと思うので好ましい気もします。 e1%は、そのタンパク質の1%(10 mg/ml)溶液を測定した時の吸光度、です。 実際は吸光度そのものではなくて、吸光度をもとに得られる係数ということですが、数字は同じで、係数として扱えるように単位が変わります。 この係数の名前がextinction coefficient(e)ですね。基準にする溶液の濃度によって、e0.1%とか、e-molarとかバリエーションがあります。 下記リンクの#6のpdfが自分は参考になりました。 http://www.piercenet.com/previews/guides/tech-tips/ eの値はアミノ酸配列からも計算できて、そういうツールがwebからも利用できます。 http://web.expasy.org/protparam/

NanodropのFactorについて 削除/引用 No.2563-1 - 2013/11/17 (日) 11:53:52 - mm 大変初歩の質問で申し訳ありません。 Nanodropでのタンパク質測定時のfactorの計算方法を具体的に教えて頂けませんでしょうか。 たとえば選択できるIgGではfactorが13.7になっていますがこれはどのようなリファレンスデータをもとにどのような計算式で求められますか？ Nanodrop関連の説明を検索したら、光路長の話だけでも「自動的に0.2mm光路長測定時の値を使って」とか「吸光度は10mm光路長換算で表示」とかNanodropの仕様の光路長が0.05〜1mmとか、いろいろ出てきてよくわかりません。 当ラボの昔の人のノートでは係数14を使っている記録があるのですが、これはその溶液のIgGサブクラスの構成の違いとかそんな考え方ではおかしいでしょうか？ またよくでてくるE1%とはどういう意味でしょうか。 自分が今後関わる分野では、未知のタンパクを他の方法できちんと定量する方法ではなく、ある程度どこかで同等品のA280に対する濃度データを調べてNanodropのfactorに使う手順で濃度測定をするらしいのですが、こういう時の数値の一般的な調べ方ってありますか？ 今後の各種factor計算の考え方の指標にしたいです。 曖昧で申し訳ありませんが答えられる範囲でお願いします。

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