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(無題) 削除/引用 No.259-8 - 2012/03/08 (木) 12:49:37 - Harmonia トピ主さん置いてけぼりの議論になるかもしれませんですが。 PCR でやるなら、プライマーをexon-intron で作るという手もあります。 転写直後はつながっていますが、プロセッシングで切れるでしょ？ また、話題は飛びますが、RNA in situ hybridizationで、イントロンをプライマーにしている例がありました。これも、転写直後は存在するけど、すぐに検出できないという理由からのアイデアです。

(無題) 削除/引用 No.259-7 - 2012/03/08 (木) 09:45:02 - ~ 本来の目的が分かりませんが、この現象を調べる方向で進むのであれば、run onで新規の転写量を調べるのが次の手でしょうか。 ただ、私ならPCRが原因で見られている現象だと困るので、ノーザンでも見ておきます。 ところで、野生型/ヘテロ/ホモと書かれていることは、何らかの繁殖可能な個体が材料で、その個体の全体又は一部に含まれるRNAを評価しているのでしょうか？ ホルモン等のコントロールを受ける遺伝子でヘテロとホモの発現量の間に閾値がある、などでも理由付けは可能かもしれません。 (0.1がバックグラウンドの発現で、それ以上であれば1になる) 細胞あたりの発現量は一定で、発現する細胞の数が10倍違うのかもしれません。 材料や発現が予想される細胞の種類によって、いろいろと考えることはできるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.259-6 - 2012/03/08 (木) 08:36:30 - Harmonia 見ているのは発現ではなく蓄積、つまりできた量と壊れた量の差し引き。 なので、そういうことも有るんじゃないの。 突っ込んで解析したいんなら、発現を調べましょう。

(無題) 削除/引用 No.259-5 - 2012/03/06 (火) 22:49:23 - mon Maternal (Paternal) effect?

(無題) 削除/引用 No.259-4 - 2012/03/06 (火) 20:15:51 - Harmonia そんなバカなことは有り得ません！！！！ という返事があったとして、発現量の比を何対何対何に修正しますか？ 観察事実がそうなのだから、「あるでしょうか」といわれてもねぇ。

例えば 削除/引用 No.259-3 - 2012/03/06 (火) 19:29:04 - ふみ その遺伝子がネガティブフィードバックによって転写量を一定に保つ仕組みがあり、かつ、そのトランスポゾンの入ったところに転写量のベーサルのレベルを保つのに重要なシスエレメントがある場合に、そのような発現量比になるのではないでしょうか。

野生型/ヘテロ/ホモ　遺伝子発現量の比 削除/引用 No.259-1 - 2012/03/06 (火) 17:52:58 - 12345 ある遺伝子変異について　野生型/ヘテロ/ホモ　での遺伝子の発現量の比が1：1：0.1　になる事があるでしょうか（つまりヘテロで発現量が全く下がらず、ホモで劇的に下がる）。 q-PCR で定量し、n=5 で再現性も非常に高いです。変異原はトランスポゾンで、転写開始点直前に挿入されています。q-PCR ではコーディング領域の最も 3' 末端側にプライマーを設計しました。 どうぞよろしくお願いします。

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